r - 更改由函数创建的 ggplot 对象的颜色

Question

我正在使用 fgsea 库进行一些分析，特别是我经常使用 plotEnrichment 函数。此函数返回一个包含所有图层的 ggplot 对象，但我想将它显示的曲线从明亮更改为其他内容。这段代码

library(fgsea)
data(examplePathways)
data(exampleRanks)
p = plotEnrichment(examplePathways[["5991130_Programmed_Cell_Death"]], exampleRanks)

将返回此图

有什么方法可以在创建后更改颜色？

注意:我很确定有一些方法可以很容易地做到这一点，但我没有创建绘图，所以我不知道每个图层的名称或它们是如何创建的。

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按照 BrianFisher 的建议，我尝试了

p + scale_color_brewer(palette="GnBu")
p + scale_color_manual(values=c("blue","red"))

但据我所知，他们并没有改变剧情。

Answer 1

实现此目的的另一种方法是使用以下代码直接更改 ggplot 对象:

## change the aes parameter in the object
p$layers[[5]]$aes_params$colour <- 'blue'
## then plot p 
p

这会产生以下图表:

简短的演练

这种技术在很多场合都证明对我有用。因此，一些更详细的信息:

p$layers 为我们提供了需要进一步挖掘的信息:我们需要访问 geom_line 配置。因此，在查阅了以下信息后，我们选择继续使用 p$layers[[5]]

> p$layers
[[1]]
geom_point: na.rm = FALSE
stat_identity: na.rm = FALSE
position_identity 

[[2]]
mapping: yintercept = ~yintercept 
geom_hline: na.rm = FALSE
stat_identity: na.rm = FALSE
position_identity 

[[3]]
mapping: yintercept = ~yintercept 
geom_hline: na.rm = FALSE
stat_identity: na.rm = FALSE
position_identity 

[[4]]
mapping: yintercept = ~yintercept 
geom_hline: na.rm = FALSE
stat_identity: na.rm = FALSE
position_identity 

[[5]]
geom_line: na.rm = FALSE
stat_identity: na.rm = FALSE
position_identity 

[[6]]
mapping: x = ~x, y = ~-diff/2, xend = ~x, yend = ~diff/2 
geom_segment: arrow = NULL, arrow.fill = NULL, lineend = butt, linejoin = round, na.rm = FALSE
stat_identity: na.rm = FALSE
position_identity 

如果我们在 p$layers[[5]] 之后添加 $，我们可以选择扩展代码(在 RStudio 中)，如下图所示:

我们选择aes_params并添加一个新的$。那一刻，唯一的选择是color。我们在端点:在这里我们可以设置geom_line的颜色。

所以，现在您知道这些骇人听闻的神秘代码是从哪里来的了；这是最后一次:

p$layers[[5]]$aes_params$colour <- 'blue'