R igraph顶点间距

Question

我正在使用 igraph 绘制网络，但似乎无法获得未绘制在彼此之上的节点(顶点)。

我的代码:

g<-graph.empty(n=0, directed=FALSE)
nodes<-my_verts
edge<-my_intra_edges
freq<-nodes[,2]
max_freq<-sum(freq)
frequency<-freq*50/max_freq
colour1<-heat.colors(max_freq/2+2)
colour<-rev(colour1)
g<-igraph::add.vertices(g, length(nodes[,2]), name=as.character(nodes[,1]),     color=colour[freq/2+2])
names<-V(g)$name
ids<-1:length(names)
names(ids)<-names
from<-as.character(edge[,1])
to<-as.character(edge[,2])
edges<-matrix(c(ids[from], ids[to]), nc=2)
my_weight<-edge[,3]
g<-add.edges(g, t(edges), weight=my_weight)
V(g)$label<-V(g)$name
my_radius<-sqrt(my_verts[,2]/pi)
V(g)$size<-my_radius
V(g)$label.cex<-0.0001
del_ids<-intersect(which(degree(g)==0), which(freq==1))
g1<-delete.vertices(g, ids[del_ids])
length(del_ids)
jpeg(file="BC9.jpeg", height=7016, width=7016, res=600)
par(mfrow=c(1,1), mar=c(5,5,5,5))
title=c("BC9")
layout<-layout_with_graphopt(g1, niter=800)
plot(g1, layout=layout, edge.color="darkblue", main=title, edge.width=0.2)
dev.off()

目前，这会将大多数节点绘制为独立点，但有些节点会相互叠加绘制。有没有办法让节点有更好的间距？谢谢。

Answer 1

我对 igraph 有同样的问题，这些算法提供的布局似乎不能防止节点重叠。

有人可能会想出一个好的 igraph-only 解决方案，但我目前非常乏味的解决方法是:我在 Gephi 上打开网络，然后我使用 Force Atlas 2 算法并选中“防止重叠”选项，我保存.gexf 文件，然后我从文件中提取 x、y、z 坐标，然后将其用作 igraph 中的布局.