r - 如何在 R Markdown 中全局使用 set.seed()？

Question

有人可以提供一个如何在 R Markdown 中全局使用 set.seed() 的工作示例吗？我知道 Yihui's documentation基于 this bug report ，但是当我将建议的选项作为 knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed) 放入我的设置 block 中时，我收到一条错误消息.

我错过了什么？我目前在第一个需要它的代码块中有一个随机种子，但后面的 block 应该使用相同的种子。

[下方更新]

我的设置 block :

```{r setup, include=FALSE}
#knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
knitr::opts_knit$set(root.dir = "/Users/Zack/Documents/UCLA/Courses/PP290_NetworkScience")
#library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(tidy.opts=list(width.cutoff=80),tidy=TRUE)
knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed)
```

错误:

Show in New WindowClear OutputExpand/Collapse Output
Error in knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed) : 
  object 'rand_seed' not found

使用种子的 block 是这样的:

```{r section1_3, error=TRUE, cache=FALSE, eval=TRUE, echo=TRUE}
set.seed(01082017)
# A binomial distribution is one that produces a series of numbers according to parameters you pass it.
# We can easily make it produces 1s and 0s and then populate an adjacency matrix with them.
# The last argument controls the ratio of 1s and 0s.  So, half the output will be 1, half will be 0, on average.
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
rbinom(1,1,.5)
```

目前，我已删除 knitr::opts_chunk$set(cache.extra = rand_seed)来自我的 R Markdown 文件。

Answer 1

我刚刚遇到了同样的问题，我想我已经解决了...将种子放在第一个 block 中并制作 cache = TRUE在 knitr选项。我希望它对你有帮助!

{r, set.seed(333)}
knitr::opts_chunk$set(cache = T)

[your code here]