r - 用于从 R 中的网格创建三角形列表的加速函数

Question

我在 R 中编写了一个函数 mesh2listri()，它接受一个 kxm 矩阵和一个三角形结构矩阵，并返回一个列表，其中每个元素都是一个定义三角形的 3xm 矩阵。我真的很想加快这个功能。但是，我不知道如何避免 for 循环。在此先感谢您的帮助。下面是一个完全可重现的示例。

mesh2listri <- function(mat, tri) {
  if (ncol(tri) > 3) {
    tri <- t(tri)
  }
  res <- NULL
  for (i in 1:nrow(tri)) {
    resi <- mat[tri[i, ], ]
    res <- c(res, list(resi))
    print(i)
  }
  res
}

mat <- matrix(rnorm(90000, 0, 1), ncol = 3)
tri <- matrix(sample(1:30000, replace = TRUE), ncol = 3)
system.time(mesh2listri(mat, tri))

Answer 1

快一点。

mesh2listri_byMinem <- function(mat, tri) {
  if (ncol(tri) > 3) tri <- t(tri)
  n <- nrow(tri)
  l <- vector(mode = "list", length = n)
  for (i in 1:n) {
    resi <- mat[tri[i, ], ]
    l[[i]] <- resi
  }
  l
}

# create larger data:
mat <- matrix(rnorm(6e6, 0, 1), ncol = 3)
tri <- matrix(sample(3e5, replace = T), ncol = 3)

b <- microbenchmark::microbenchmark(
  rez1 <- mesh2listri_new(mat, tri),
  rez2 <- mesh2listri_byMinem(mat, tri), times = 10, unit = "s"
)
options(digits = 2)
b
# Unit: seconds
#                                  expr   min   lq mean median   uq  max neval cld
#     rez1 <- mesh2listri_new(mat, tri) 0.630 0.85 0.94   0.85 0.92 1.86    10   b
# rez2 <- mesh2listri_byMinem(mat, tri) 0.092 0.10 0.11   0.10 0.10 0.15    10  a