r - `.sublime-build` 是如何工作的？

Question

更新 :

在尝试了对此问题的评论中详述的各种事情后，我的问题有所发展。前面在这个问题中描述的问题确实可能是由于错误的 JSON，如@apple16 所建议的，或者与我的 "$PATH" 有关。配置，如与@RandyLai 所述。

我可能已经确定了潜在的问题:字符编码。在我的 .Rmd 的 YAML 前端使用我在 Sublime Text 中的构建变体和变音符号文档(我在这里提出原始问题时一直在做)导致与最初描述的错误不同的错误，我似乎不再得到:

Error en yaml::yaml.load(front_matter)

有趣的是，在 RStudio 或终端(或从 shell 脚本)中使用相同的 YAML 不会抛出此错误，在那里一切都完美呈现。当我从 YAML 中删除变音符号时，我在 ST 中没有错误；但是，如果我将变音符号放在主文档中，它们将呈现为 NA在生成的 HTML 中。这种类似于之前发生的事情，我在下面将其描述为“奇怪的错误”HTML 输出。

在对这个问题的评论中，我试图对我的 "$PATH" 做各种事情。现在，就像@RandyLai 那样，似乎没有必要；我特别指的是将路径添加到 pandoc至 /etc/launchd.config : 恢复默认路径后 /usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin ，正如我现在描述的那样，一切都在 ST 中工作，无论我是否在 SublimeKnitr-knitr 中使用我的构建变体|的 .sublime-build或在 R Box-R Markdown的 .sublime-build .

这是我的语言环境信息，以防万一:

Mi-Mac:~ LeGastronome$ locale
LANG=
LC_COLLATE="C"
LC_CTYPE="UTF-8"
LC_MESSAGES="C"
LC_MONETARY="C"
LC_NUMERIC="C"
LC_TIME="C"
LC_ALL=

我试图找出 Sublime Text 如何执行它的 .sublime-build文件。

在 Mac (v10.9.3) 上的 Sublime Text 3 中，我为 SublimeKnitr 创建了一个自定义构建变体的 knitr-Markdown和 R Box的 R Markdown语法；这是我的 .sublime-build前者的文件，它具有功能齐全的原始/默认构建，然后是我的错误变体:

{
  "selector": "text.html.markdown.knitr",
  "working_dir": "${project_path:${folder}}",
  "cmd": [ "Rscript -e \"library(knitr); knit('$file', output='$file_path/$file_base_name.md')\"" ],
  "shell": true,

  "variants":
  [
    {
      "name": "Render",
      "working_dir": "$file_path",
      "shell_cmd": "Rscript -e \"rmarkdown::render(input = '$file')\""
    }
  ]
}

这是我的 .sublime-build对于 R Box 的 R Markdown，它与 SublimeKnitr 的 knitr-Markdown 构建非常相似:

{
    "selector": "text.html.rmarkdown",
    "working_dir": "${project_path:${folder}}",
    "cmd": [ "Rscript -e \"library(knitr); knit('$file', output='$file_path/$file_base_name.md')\"" ],
    "shell": true,

  "variants":
  [
    {
      "name": "Render",
      "working_dir": "$file_path",
      "shell_cmd": "Rscript -e \"rmarkdown::render(input = '$file')\""
    }
  ]
}

在我的自定义构建变体中，我尝试使用这对 key cmd和 shell ，以及 shell_cmd正如上面代码中所引用的，我认为这是 ST3 的新内容。无论如何，在终端中运行时，两者都会发生不受欢迎的事情:

Rscript -e "rmarkdown::render(input = 'path/to/file.Rmd')"

也不是当我在 RStudio 中运行时:

rmarkdown::render(input = 'path/to/file.Rmd')

使用 SublimeKnitr 的构建与使用 R Box 的构建获得相同的结果。我得到的输出如下:

使用映射:

"cmd": [ "Rscript -e \"rmarkdown::render(input = '$file')\"" ],
"shell": true

我得到:

Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found.
Ejecuci'on interrumpida
[Finished in 0.4s with exit code 1]
[cmd: ['Rscript -e "rmarkdown::render(input = \'/path/to/file.Rmd\')"']]
[dir: /path/to/pertinent/directory]
[path: /usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin]

请注意，我确实有 pandoc已安装并完全运行，例如:

Mi-Mac:~ LeGastronome$ pandoc --version
pandoc 1.12.4.2
Compiled with texmath 0.6.6.1, highlighting-kate 0.5.8.1.
Syntax highlighting is supported for the following languages:
    actionscript, ada, apache, asn1, asp, awk, bash, bibtex, boo, c, changelog,
    clojure, cmake, coffee, coldfusion, commonlisp, cpp, cs, css, curry, d,
    diff, djangotemplate, doxygen, doxygenlua, dtd, eiffel, email, erlang,
    fortran, fsharp, gcc, gnuassembler, go, haskell, haxe, html, ini, isocpp,
    java, javadoc, javascript, json, jsp, julia, latex, lex, literatecurry,
    literatehaskell, lua, makefile, mandoc, markdown, matlab, maxima, metafont,
    mips, modelines, modula2, modula3, monobasic, nasm, noweb, objectivec,
    objectivecpp, ocaml, octave, pascal, perl, php, pike, postscript, prolog,
    python, r, relaxngcompact, restructuredtext, rhtml, roff, ruby, rust, scala,
    scheme, sci, sed, sgml, sql, sqlmysql, sqlpostgresql, tcl, texinfo, verilog,
    vhdl, xml, xorg, xslt, xul, yacc, yaml
Default user data directory: /Users/LeGastronome/.pandoc
Copyright (C) 2006-2014 John MacFarlane
Web:  http://johnmacfarlane.net/pandoc
This is free software; see the source for copying conditions.  There is no
warranty, not even for merchantability or fitness for a particular purpose.

与映射:

"shell_cmd": "Rscript -e \"rmarkdown::render(input = '$file')\""

我得到了所需的文档类型，HTML，但 HTML 错得离谱，与我从终端和 RStudio 运行上述代码时得到的不同；此外，仅在 Sublime Text 中，我收到以下警告:

pandoc: YAML header is not an object "source" (line 1, column 1)

请注意，如果在上面引用的原始构建配置中，我使用括号“ [ ”，如下所示:

"shell_cmd": [ "Rscript -e \"rmarkdown::render(input = '$file')\"" ]

当我尝试运行构建变体时，除了保存我的文件之外，Sublime 既不构建也不做任何事情。

我的问题似乎是特定于用户的，因此我正在寻找有关如何 .sublime-build 的更准确信息。文件被执行。我从 some unofficial documentation 了解到默认情况下会运行一些 Python；但是，如上所述，当我从终端运行与我的构建变体中包含的代码相同的代码时，怎么可能，即:

Rscript -e "rmarkdown::render(input = 'path/to/file.Rmd')"

我从 Sublime Text 得到了如此不同的结果？谢谢你的帮助。

Answer 1

你的系统好像不是英文的。当您在终端中运行 R 时，由于“LC_CTYPE”是 utf-8，R 会将文档读取为 UTF-8 文档。但是，如果在 Sublime 中启动命令，“LC_CTYPE”为空，因此 R 不知道使用什么编码。

有几种解决方案。

最简单但不太吸引人的解决方案是将系统语言切换为英语。

另一种可能的方法是通过将 LANG=en_US.UTF-8 添加到 ~/.Renviron

来将 R 默认语言环境更改为 utf8

另一种可能的解决方案是在 .sublime-build 文件中添加变量 LANG。检查选项 env here

或者在 rmarkdown::render 函数中指定 UTF8 编码。