r - 快速替换 NA - 错误或警告

Question

我有一个名为“mat”的大 data.frame，有 49952 个 obs。 7597 个变量，我试图用零替换 NA。这是我的 data.frame 的示例:

    A   B   C   E   F   D   Q   Z   . . .
1   1   1   0   NA  NA  0   NA  NA
2   0   0   1   NA  NA  0   NA  NA
3   0   0   0   NA  NA  1   NA  NA
4   NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA
5   0   1   0   1   NA  0   NA  NA 
6   1   1   1   0   NA  0   NA  NA
7   0   0   1   0   NA  1   NA  NA 
.
.
.

我需要非常快速的工具来替换它们。结果应如下所示:

    A   B   C   E   F   D   Q   Z   . . .
1   1   1   0   0   0   0   0   0
2   0   0   1   0   0   0   0   0 
3   0   0   0   0   0   1   0   0
4   0   0   0   0   0   0   0   0
5   0   1   0   1   0   0   0   0 
6   1   1   1   0   0   0   0   0
7   0   0   1   0   0   1   0   0 
.
.
.

我已经试过了 lapply(mat, function(x){replace(x, is.na(x),0)}) - 没用 - mat[is.na(mat)] <- 0 - 错误并且可能太慢 - 还有 link - 也没有用。

@Sotos 已经建议我 plyr::rbind.fill(lapply(L, as.data.frame))但它不起作用，因为它使 data.frame 包含 379485344 个观察值和 1 个变量(即 49952x7597)，所以我还必须将其转换回来。有没有更好的方法来做到这一点？

我的 data.frame 的真实结构:

> str(mat)
'data.frame':   49952 obs. of  7597 variables:
 $ 6794602   : num  1 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ...
 $ 1008667   : num  NA 1 0 NA NA 0 0 0 0 0 ...
 $ 8009082   : num  NA 0 1 NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ 6740421   : num  NA NA NA 1 NA 0 0 0 0 0 ...
 $ 6777805   : num  NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA ...
 $ 1001682   : num  NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ...
 $ 1001990   : num  NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ...
 $ 1002541   : num  NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ...
 $ 1002790   : num  NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ...

注:

当我尝试 mat[is.na(mat)] <- 0有一个警告:

> mat[is.na(mat)] <- 0
Warning messages:
1: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = 0) :
  invalid factor level, NA generated
2: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = 0) :
  invalid factor level, NA generated
> nlevels(mat)
[1] 0

使用后的Data.frame mat mat[is.na(mat)] <- 0 :

> str(mat)
'data.frame':   49952 obs. of  7597 variables:
 $ 6794602   : num  1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ 1008667   : num  0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ 8009082   : num  0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ 6740421   : num  0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 ...
 $ 6777805   : num  0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 ...
 $ 1001682   : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ 1001990   : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ 1002541   : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ 1002790   : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...

所以问题是:

有没有其他快速的方法来更换 NA？

警告很重要吗？因为使用后的数据mat[is.na(mat)] <- 0看起来像我想要的，但是值太多了，所以我无法检查它们是否正确。

Answer 1

请尝试以下操作:

mat %>% replace(is.na(.), 0)