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我想通过使用 R 的“ks”库中的“kde”函数对 5 维数据(x、y、z、时间、大小)执行核密度估计。在它的手册中,它说它可以为一维到六维数据(手册第 24 页:http://cran.r-project.org/web/packages/ks/ks.pdf)。
我的问题是它说对于超过 3 个维度我需要指定 eval.points。我不知道如何指定评估点,因为没有超过 3 个维度的示例。例如,如果我想在问题空间中生成常规 3D 序列数据并将它们用作评估点,我该怎么办?
这是我的数据:
422.697323 164.19886 2.457419 8.083796636 0.83367586
423.008236 163.32434 0.5551326 37.58477455 0.893893903
204.733908 218.36365 1.9397874 37.88324312 0.912809449
203.963056 218.4808 0.3723791 43.21775903 0.926406005
100.727581 46.60876 1.4022341 49.41510519 0.782807523
453.335182 244.25521 1.6292517 51.73779175 0.903910803
134.909462 210.96333 2.2389119 53.13433521 0.896529401
135.300562 212.02055 0.6739541 67.55073745 0.748783521
258.237117 134.29735 2.1205291 76.34032587 0.735699304
341.305271 149.26953 3.718958 94.33975483 0.849509216
307.138925 59.60571 0.6311074 106.9636715 0.987923188
307.76875 58.91453 2.6496741 113.8515307 0.802115718
415.025535 217.17398 1.7155688 115.7464603 0.875580325
414.977687 216.73327 1.7107369 115.9776948 0.767143582
311.006135 173.24378 2.7819572 120.8079566 0.925380118
310.116929 174.28122 4.3318722 129.2648401 0.776528535
347.260911 37.34946 3.5155427 136.7851291 0.851787115
351.317624 33.65703 0.5806926 138.7349284 0.909723017
4.471892 59.42068 1.4062959 139.0543783 0.967270976
5.480223 59.72857 2.7326106 139.2114277 0.987787428
199.513023 21.53302 2.5163259 143.5895625 0.864164659
198.718031 23.50163 0.4801849 147.2280466 0.741587333
26.650517 35.2019 0.8246514 150.4876506 0.744788202
25.089379 90.47825 0.8700944 152.1944046 0.777252476
26.307439 88.41552 2.4422487 155.9090026 0.952215177
234.282901 236.11422 1.8115261 155.9658144 0.776284654
235.052948 236.77437 1.9644963 156.6900297 0.944285448
23.048202 98.6261 3.4573048 159.7700912 0.773057491
21.516695 98.05431 2.5029284 160.8202997 0.978779087
213.936324 151.87013 3.1042192 161.0612489 0.80499513
277.887935 197.25753 1.3659279 163.673142 0.758978575
277.239746 197.54001 2.2109361 166.2629868 0.775325157
library(ks)
library(rgl)
kern <- read.table(file.choose(), sep=",")
hat <- kde(kern)
最佳答案
像您一样,我最初无法找到一个有效的示例,并且文档并没有真正描述预期的对象类型。对于您的 5d 数据集,我尝试设置一个 5d 网格点,这些点由每个维度的第 10、25、50、75 和 90 百分位数构成。我的数据集被命名为“dat”:
evpts <- do.call(expand.grid, lapply(dat, quantile, prob=c(0.1,.25,.5,.75,.9)) )
> hat <- kde(dat, eval.points= evpts)
> str(hat)
List of 8
$ x : num [1:31, 1:5] 423 423 205 204 101 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : NULL
.. ..$ : chr [1:5] "V1" "V2" "V3" "V4" ...
$ eval.points:'data.frame': 3125 obs. of 5 variables:
..$ V1: Named num [1:3125] 23 118 234 326 415 ...
.. ..- attr(*, "names")= chr [1:3125] "10%" "25%" "50%" "75%" ...
..$ V2: Named num [1:3125] 35.2 35.2 35.2 35.2 35.2 ...
.. ..- attr(*, "names")= chr [1:3125] "10%" "10%" "10%" "10%" ...
..$ V3: Named num [1:3125] 0.581 0.581 0.581 0.581 0.581 ...
.. ..- attr(*, "names")= chr [1:3125] "10%" "10%" "10%" "10%" ...
..$ V4: Named num [1:3125] 43.2 43.2 43.2 43.2 43.2 ...
.. ..- attr(*, "names")= chr [1:3125] "10%" "10%" "10%" "10%" ...
..$ V5: Named num [1:3125] 0.749 0.749 0.749 0.749 0.749 ...
.. ..- attr(*, "names")= chr [1:3125] "10%" "10%" "10%" "10%" ...
..- attr(*, "out.attrs")=List of 2
.. ..$ dim : Named int [1:5] 5 5 5 5 5
.. .. ..- attr(*, "names")= chr [1:5] "V1" "V2" "V3" "V4" ...
.. ..$ dimnames:List of 5
.. .. ..$ V1: chr [1:5] "V1= 23.0482" "V1=117.8185" "V1=234.2829" "V1=326.1557" ...
.. .. ..$ V2: chr [1:5] "V2= 35.20190" "V2= 59.51319" "V2=149.26953" "V2=211.49194" ...
.. .. ..$ V3: chr [1:5] "V3=0.5806926" "V3=1.1180112" "V3=1.9397874" "V3=2.5830000" ...
.. .. ..$ V4: chr [1:5] "V4= 43.21776" "V4= 71.94553" "V4=129.26484" "V4=151.34103" ...
.. .. ..$ V5: chr [1:5] "V5=0.7487835" "V5=0.7764066" "V5=0.8517871" "V5=0.9190948" ...
$ estimate : Named num [1:3125] 3.23e-08 5.70e-08 1.01e-08 4.07e-10 6.20e-12 ...
..- attr(*, "names")= chr [1:3125] "1" "2" "3" "4" ...
$ H : num [1:5, 1:5] 5073.879 1010.815 1.211 -651.089 -0.223 ...
$ gridded : logi FALSE
$ binned : logi FALSE
$ names : chr [1:5] "V1" "V2" "V3" "V4" ...
$ w : num [1:31] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
- attr(*, "class")= chr "kde"
data(iris)
ir <- iris[,1:4][iris[,5]=="setosa",]
H.scv <- Hscv(ir)
fhat <- kde(ir, H.scv, eval.points=ir)
关于r - 使用 “kde” 函数在 R 中进行 5-D 核密度估计,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/25794075/
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