r - 运行时-使用Apply函数

Question

我有两个套用函数，可在大型三维数组（437216,8,3）上执行前两个维度的平均值和标准差。在Rx32上需要16分钟才能完成。这是数据库中许多大型数组中的第一个，我们会定期应用此脚本。是否有关于如何加快运行时间的想法？

Answer 1

那似乎很慢。在我的机器上

set.seed(10)

x = array(rnorm(437216*8*3), dim = c(437216,8,3))

system.time(apply(x, 1, mean))

需要

   user  system elapsed 
 23.903   0.263  24.522 

FWIW，

system.time(apply(x, 2, mean))
       user  system elapsed 
      0.546   0.274   0.841 


system.time(apply(x, 3, mean))
   user  system elapsed 
  0.516   0.267   0.790 

您的sessionInfo（）是什么？

sessionInfo()
R version 2.11.1 (2010-05-31) 
i386-apple-darwin9.8.0 

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

other attached packages:
[1] cimis_0.1-3    RLastFM_0.1-4  RCurl_1.4-2    bitops_1.0-4.1 XML_3.1-0      lattice_0.18-8

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.11.1  tools_2.11.1