r - 'x' 必须是数值向量 : Error from data. 数字框

Question

我在文件/表中的两列上运行 cor.test。

tmp <- read.table(files_to_test[i], header=TRUE, sep="\t")
## Obtain Columns To Compare ##
colA <-tmp[compareA]
colB <-tmp[compareB]
# sctr = 'spearman cor.test result'
sctr <- cor.test(colA, colB, alternative="two.sided", method="spearman")

但是我遇到了这个令人困惑的错误...

Error in cor.test.default(colA, colB, alternative = "two.sided", method = "spearman") : 
'x' must be a numeric vector

列中的值是数字，但是

is.numeric(colA) = FALSE 
class (colA) = data.frame

我错过了什么？

Answer 1

在选择器前加一个逗号。当您在 data.frame 对象中选择没有逗号的单个索引变量时，它会提取列作为列表元素保留类型。因此，它仍然是一个数据框。但是，data.frame 对象允许您使用矩阵样式符号进行选择，然后您将获得一个简单的向量。所以只要改变

colA <-tmp[compareA]
colB <-tmp[compareB]

到

colA <-tmp[,compareA]
colB <-tmp[,compareB]

我认为这比双括号 ([[) 选择器更符合 data.frame 类型的精神，后者会做类似的事情，但本着底层列表类型的精神。它们也与单个项目和行选择器无关。因此，在使用 data.frame 执行多种操作的代码中，双括号选择器显得有点奇怪。