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r - R 中的 pheatmap. 如何获得集群

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 11:31:12 27 4
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我正在使用带有大数据的 pheatmap。我的目的是对行和列进行聚类并分析主要聚类。我上传数据表并执行热图如下:

 library (pheatmap)
data<-read.table ("example.txt", header = TRUE)
pheatmap(data)

通过这个,我得到了我的数据的热图。
我的 example.txt 看起来像这样:
    a   b   c   d   e   f
a 1 0.1 0.9 0.5 0.65 0.9
b 0.1 1 0.39 0.83 0.47 0.63
c 0.9 0.39 1 0.42 0.56 0.84
d 0.5 0.83 0.42 1 0.95 0.43
e 0.65 0.47 0.56 0.95 1 0.14
f 0.9 0.63 0.84 0.43 0.14 1

可能这是一个非常愚蠢的问题,但无论如何我会发布它。运行pheatmap(data)后,如何获取簇对应的元素?我是否必须以某些特定方式保存结果并通过其他 R 包进行分析?

最佳答案

抓取pheatmap的结果并使用 cutree .提取 10 个集群,例如你可以这样做:

library(pheatmap)
res <- pheatmap(mtcars)
mtcars.clust <- cbind(mtcars,
cluster = cutree(res$tree_row,
k = 10))
head(mtcars.clust)
# mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb cluster
# Mazda RX4 21.0 6 160 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4 1
# Mazda RX4 Wag 21.0 6 160 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4 1
# Datsun 710 22.8 4 108 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1 2
# Hornet 4 Drive 21.4 6 258 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1 3
# Hornet Sportabout 18.7 8 360 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2 4
# Valiant 18.1 6 225 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1 3

?pheatmap , ?hclust?cutree为了帮助。

关于r - R 中的 pheatmap. 如何获得集群,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/27820158/

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