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我正在使用带有大数据的 pheatmap。我的目的是对行和列进行聚类并分析主要聚类。我上传数据表并执行热图如下:
library (pheatmap)
data<-read.table ("example.txt", header = TRUE)
pheatmap(data)
a b c d e f
a 1 0.1 0.9 0.5 0.65 0.9
b 0.1 1 0.39 0.83 0.47 0.63
c 0.9 0.39 1 0.42 0.56 0.84
d 0.5 0.83 0.42 1 0.95 0.43
e 0.65 0.47 0.56 0.95 1 0.14
f 0.9 0.63 0.84 0.43 0.14 1
最佳答案
抓取pheatmap
的结果并使用 cutree
.提取 10 个集群,例如你可以这样做:
library(pheatmap)
res <- pheatmap(mtcars)
mtcars.clust <- cbind(mtcars,
cluster = cutree(res$tree_row,
k = 10))
head(mtcars.clust)
# mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb cluster
# Mazda RX4 21.0 6 160 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4 1
# Mazda RX4 Wag 21.0 6 160 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4 1
# Datsun 710 22.8 4 108 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1 2
# Hornet 4 Drive 21.4 6 258 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1 3
# Hornet Sportabout 18.7 8 360 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2 4
# Valiant 18.1 6 225 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1 3
?pheatmap
,
?hclust
和
?cutree
为了帮助。
关于r - R 中的 pheatmap. 如何获得集群,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/27820158/
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我需要使用函数 'pheatmap' 制作一个热图,使用 UPGMA 和 1-pearson 相关作为距离度量。我的教授声称这是默认的距离度量,尽管在我的情况下它使用“欧几里得”作为距离度量。 euc
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我正在使用 pheatmap 创建值的热图,并希望使用矩阵中 z 值的单位来标记图例。在此示例中,我希望图例的顶部显示温度 [°C]。我已阅读 guidelines here对于 pheatmap,似
我正在使用 绘制热图pheatmap (Documentation)。我正在以一种相当简单的方式绘制一个矩阵: pheatmap(mat, annotation_col=df, labels_col=
使用R包pheatmap绘制热图。有没有办法为输入矩阵中的 NA 分配颜色?看来 NA 默认情况下是白色的。例如: library(pheatmap) m<- matrix(c(1:100), nro
可重现的数据: data(crabs, package = "MASS") df 我对 pheatmap 做了什么: ## 5 numerical variables for coloring co
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我正在尝试使用 layout 绘制多面板图,其中一个面板是热图放置地块。我一直在用 pheatmap 绘制热图它提供了一个非常方便的配色方案等等。 pheatmap的代码有货 here . 当我尝试使
我正在使用 pheatmap 制作热图R 中的包。默认情况下,行名显示在热图的右侧。有谁知道如何将它们移到左侧? 其他一些包似乎有这方面的功能,例如 row_names_side = "left"在
我正在使用 pheatmap() 创建热图函数使用以下代码: library(pheatmap) pheatmap((data_matrix[,1:11]), cluster_rows = F, cl
我正在使用带有大数据的 pheatmap。我的目的是对行和列进行聚类并分析主要聚类。我上传数据表并执行热图如下: library (pheatmap) data<-read.table ("exa
我创建了一个矩阵,现在我想使用 pheatmap 绘制热图,同时保留矩阵行的顺序。我想关闭集群。目前,当我运行以下脚本时,pheatamp 正在对行进行聚类: tissuedata<-read
比方说: m1<-matrix(rnorm(1000),ncol=100) 并定义颜色: cols = colorRampPalette(c("white", "red"))(30) 我正在生成一个热
library(pheatmap) another<-read.table("~/Desktop/tcga3dcategorized.csv",sep=',',header=FALSE) test<-
我正在绘制一组 15 个样本,分为 A、B、C 三组,热图将它们排序为 C、A、B。(我读过这是因为它在右侧绘制了集群具有最强的相似性)。我想对簇进行排序,以便簇的叶子被视为 A、B、C(因此重新组织
我有以下数据框: library(pheatmap) library(RColorBrewer) dat cow dog snake ca
如何在此热图中将色标上的 0 点设置为白色?它使用 breaks 参数吗? 在以下代码中,白色设置为 3(或刻度附近): test = matrix(rnorm(200), 20, 10) test[
跟进this question ,我找到了 pheatmap 函数(它为我提供了比 heatmap.2 更多的控制权)。 但是我有两个问题: 1-我无法更改注释(类别)的颜色 2- 即使我将输出保存在
我是一名优秀的程序员,十分优秀!