r - 将 S4 对象转换为数据帧的一般方法 (R)

Question

我有许多 S4 对象，它们具有可变数量的插槽和插槽名称。每个时隙中的数据长度相同。例如 S4 对象 peaks :

> str(peaks)
Formal class 'MassPeaks' [package "MALDIquant"] with 4 slots
  ..@ snr      : num [1:16] 37.81 9.18 8.65 4.66 53.22 ...
  ..@ mass     : num [1:16] 307 317 325 337 347 ...
  ..@ intensity: num [1:16] 2255 547 516 278 3173 ...
  ..@ metaData : list()

我想将这些 S4 对象转换为数据帧。例如数据框 df.peaks :

> str(df.peaks)
'data.frame':   16 obs. of  3 variables:
 $ snr      : num  37.81 9.18 8.65 4.66 53.22 ...
 $ mass     : num  307 317 325 337 347 ...
 $ intensity: num  2255 547 516 278 3173 ...

有没有通用的方法来做到这一点？对于这个例子，我可以做

> df.peaks = data.frame(snr=peaks@snr, mass=peaks@mass, intensity=peaks@intensity)

但这需要对 S4 对象的插槽名称进行硬编码。 如果不对插槽名称进行硬编码，我该怎么做？ 我可以通过获取 s4.names = slotNames(peaks) 来做到这一点，但在这种情况下我不知道如何使用 s4.names访问 peaks 的插槽.

Answer 1

我不知道这样做的“正确”方法，因为我很少使用 S4 对象。不过，这是一个尝试:

# from the ?slot page
setClass("track", slots = c(x="numeric", y="numeric"))
myTrack <- new("track", x = -4:4, y = exp(-4:4))
str(myTrack)

Formal class 'track' [package ".GlobalEnv"] with 2 slots
  ..@ x: int [1:9] -4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4
  ..@ y: num [1:9] 0.0183 0.0498 0.1353 0.3679 1 ...

这里的方法是获取插槽名称，然后一次一个地迭代它们，将每个插槽的内容提取到一个列表中。然后为列表元素提供适当的名称(来自插槽)，并将其绑定(bind)到数据帧中。

# conversion function
S4_to_dataframe <- function(s4obj) {
  nms <- slotNames(s4obj)

  lst <- lapply(nms, function(nm) slot(s4obj, nm))
  as.data.frame(setNames(lst, nms))
}


S4_to_dataframe(myTrack)

   x           y
1 -4  0.01831564
2 -3  0.04978707
3 -2  0.13533528
4 -1  0.36787944
5  0  1.00000000
6  1  2.71828183
7  2  7.38905610
8  3 20.08553692
9  4 54.59815003