r - 如何在R中设置C堆栈的大小？

Question

我正在尝试使用 spread()来自 tidyr 的函数将 R 封装在一个包含大约 300 万个观测值的数据框上。它返回以下错误消息:

Error : C stack usage  26498106 is too close to the limit

当我跑 Cstack_info() ，它告诉我

> Cstack_info()
      size    current  direction eval_depth 
   7969177      15272          1          2 

遵循对 this 的回答中的建议问题，我已经尝试通过运行 ulimit -s 32768 来增加堆栈大小在终端窗口中并从终端打开 Rstudio。但是，当我尝试这样做时， Cstack_info() 的输出没有改变，当我运行我的代码时，我收到相同的错误消息。在对同一早期问题的另一个回答之后，我尝试更新 R 和 Rstudio，但也无济于事。我在这里做错了什么？

我在具有 16 GB 内存的 mac os x 10.12.2 上运行 R 3.3。

Answer 1

我遇到了类似的情况，就我而言，我可以通过设置launchctl限制来增加C Stack的大小。

在设置 launchctl 限制之前:

> Cstack_info()
      size    current  direction eval_depth 
   7969177      17072          1         2

$ ulimit -s
stack size              (kbytes, -s) 8192

$ sudo launchctl limit
stack       8388608        67104768 

设置launchctl限制:

$ cd /Library/LaunchDaemons/
$ sudo vi limit.stack.plist # create a new plist file to set new stack value

<plist version="1.0">
  <dict>
    <key>Label</key>
    <string>limit.maxfiles</string>
    <key>ProgramArguments</key>
    <array>
      <string>launchctl</string>
      <string>limit</string>
      <string>stack</string>
      <string>67104768</string>
      <string>67104768</string>
    </array>
    <key>RunAtLoad</key>
    <true/>
    <key>ServiceIPC</key>
    <false/>
  </dict>
</plist>

重启后:

> Cstack_info()
      size    current  direction eval_depth 
   63749529      17072          1          2

$ ulimit -s
stack size              (kbytes, -s) 65532

$ sudo launchctl limit
stack       67104768       67104768  

R 版本 3.5.0
macOS High Sierra 10.13.5