r - 使用 heatmap() 作为 ggsave() 的绘图输入时出错

Question

我想在 ggplot2::ggsave() 中保存 stats::heatmap() 的输出，但输出不是绘图，并且我收到一个错误。
这是代码:

data("iris")
col<- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(20)

ggsave(filename = "heatmap.png", plot = heatmap(x = cor(iris[,-5])  , col = col, symm = TRUE),device = "png", dpi = 450)

现在，虽然代码实际工作并保存了 heatmap.png在 R 工作目录中，它也会返回错误。

Saving 3.74 x 8.49 in image Error in UseMethod("grid.draw") : no applicable method for 'grid.draw' applied to an object of class "list"

我认为是因为 heatmap() 的输出不是一个情节，它是一个列表。

由于我使用的是 ggsave()作为 的一部分downloadHandler() 在 Shiny 中，错误会中断下载/保存过程。

我很感激你的帮助

Answer 1

ggsave() 的语法是

ggsave(filename, plot = last_plot(), device = NULL, path = NULL,
  scale = 1, width = NA, height = NA, units = c("in", "cm", "mm"),
  dpi = 300, limitsize = TRUE, ...)

要存储的图必须作为第二个参数传递。为此，您必须能够将绘图分配给变量。这可以通过 ggplot() 创建的图来完成。 :

p <- ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width)) + geom_point()
class(p)
## [1] "gg"     "ggplot"

这段代码没有显示任何情节，但它实际上在 p中存储了一个情节。 .你可以通过运行 p 来渲染它或 print(p) .

基本绘图功能不同。他们直接创建一个情节作为副作用。因此，即使将输出分配给变量，此代码也将显示绘图:

p2 <- heatmap(x = cor(iris[,-5])  , col = col, symm = TRUE)

和 p2现在是 list而不是情节:

p2
## $rowInd
## [1] 2 1 3 4
## 
## $colInd
## [1] 2 1 3 4
##  
## $Rowv
## NULL
## 
## $Colv
## NULL

所以，路过 p2至 ggsave()不会工作，因为它实际上并不包含情节。

但是仍然可以使用图形设备将基本图存储在文件中。

例如，您可以创建一个 png -像这样的文件:

png(filename = "heatmap.png")
heatmap(x = cor(iris[,-5])  , col = col, symm = TRUE)
dev.off()

还有其他设备可以类似地使用，例如， jpeg() , pdf() , 和 tiff() .

您可以在 downloadHandler() 中使用该设备如下:

output$downloadData <- downloadHandler(
    filename = "heatmap.png",
    content = function(file) {
      png(filename = file)
      col<- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(20)
      heatmap(x = cor(iris[,-5])  , col = col, symm = TRUE)
      dev.off()
    }
  )