r - 如何在 r 中为 LDA 绘制双标图？

Question

我使用函数 lda() 进行了线性判别分析从包 MASS。现在我会尝试像 ade4 包(forLDA)中那样绘制双标图。你知道我该怎么做吗？

如果我尝试使用 biplot()功能不起作用。例如，如果我使用 Iris 数据并制作 LDA:

dis2 <- lda(as.matrix(iris[, 1:4]), iris$Species)

然后我可以使用函数 plot() 绘制它，但如果我使用函数 biplot()它不起作用:

biplot(dis2)
Error in nrow(y) : argument "y" is missing, with no default

如何绘制变量的箭头？

Answer 1

我编写了以下函数来执行此操作:

lda.arrows <- function(x, myscale = 1, tex = 0.75, choices = c(1,2), ...){
  ## adds `biplot` arrows to an lda using the discriminant function values
  heads <- coef(x)
  arrows(x0 = 0, y0 = 0, 
         x1 = myscale * heads[,choices[1]], 
         y1 = myscale * heads[,choices[2]], ...)
  text(myscale * heads[,choices], labels = row.names(heads), 
    cex = tex)
}

对于您的示例:

dis2 <- lda(as.matrix(iris[, 1:4]), iris$Species)
plot(dis2, asp = 1)
lda.arrows(dis2, col = 2, myscale = 2)

箭头的长度相对于 lda 图是任意的(当然不是彼此之间的!)。如果您想要更长或更短的箭头，请更改 myscale 的值因此。默认情况下，这会为第一和第二轴绘制箭头。如果要绘制其他轴，请更改 choices来反射(reflect)这一点。