r - 如何让 Sweave 将图形放在单独的文件夹中并以 Rnw 文件命名它们

Question

我已经看到了一些关于此的问题，但无法弄清楚如何做我想做的事。

默认情况下，Sweave 通过连接 Rnw 文件的名称和图形对象标签的名称来创建图形。

从这个问题( Make Sweave + RweaveHTML put all graphics in a specified folder )如果我想要文件夹 foo 中的所有图形并命名为 bar-graphic 我可以使用

\SweaveOpts{prefix.string=foo/bar}

但是如何在文件夹 foo 中获取名为 rnwfile-graphic 的图形？

Answer 1

好的，这可能应该分配给最内层的 hell ，但我知道获取当前正在运行的脚本名称的唯一方法是使用(滥用？)附加到函数的源引用。考虑文件中的这个 Sweave 块 foo.Rnw

<<>>=
foo <- function(x) {x}
srcref <- attr(body(foo), "srcref")[[1]]
attr(srcref, "srcfile")$filename
@

当我处理 foo.Rnw与 Sweave 我得到:

\begin{Schunk}
\begin{Sinput}
> foo <- function(x) {
+     x
+ }
> srcref <- attr(body(foo), "srcref")[[1]]
> attr(srcref, "srcfile")$filename
\end{Sinput}
\begin{Soutput}
[1] "foo.Rnw"
attr(,"encoding")
[1] "ASCII"
\end{Soutput}
\end{Schunk}

您可以在 Sweave 文件的顶部创建一个虚拟函数，拉出 $filename从源引用，并处理它以删除扩展名，例如:

> sub("\\.Rnw", "", "foo.Rnw")
[1] "foo"

然后建立 prefix.string 所需的字符串，说

<<>>=
fname <- sub("\\.Rnw", "", attr(srcref, "srcfile")$filename)
prefix.string <- paste("foo/", fname, "-graphic", sep = "")
@

\SweaveOpts{prefix.string=\Sexpr{prefix.string}}

哪里 prefix.string包含构建的路径和前缀。

这是一个完整的例子:

<<>>=
foo <- function(x) {x}
srcref <- attr(body(foo), "srcref")[[1]]
attr(srcref, "srcfile")$filename
@

<<>>=
fname <- sub("\\.Rnw", "", attr(srcref, "srcfile")$filename)
prefix.string <- paste("foo/", fname, "-graphic", sep = "")
@

\SweaveOpts{prefix.string=\Sexpr{prefix.string}}

<<fig=TRUE>>=
plot(1:10)
@

由 Sweave 处理时给出:

\begin{Schunk}
\begin{Sinput}
> foo <- function(x) {
+     x
+ }
> srcref <- attr(body(foo), "srcref")[[1]]
> attr(srcref, "srcfile")$filename
\end{Sinput}
\begin{Soutput}
[1] "foo.Rnw"
attr(,"encoding")
[1] "ASCII"
\end{Soutput}
\end{Schunk}

\begin{Schunk}
\begin{Sinput}
> fname <- sub("\\.Rnw", "", attr(srcref, "srcfile")$filename)
> prefix.string <- paste("foo/", fname, "-graphic", sep = "")
\end{Sinput}
\end{Schunk}



\begin{Schunk}
\begin{Sinput}
> plot(1:10)
\end{Sinput}
\end{Schunk}
\includegraphics{foo/foo-graphic-003}

根据您的需要调整它。