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我想使用 cutree() 函数将系统发育树聚类到指定数量的进化枝中。然而, phylo 对象(无根的系统发育树)不是 unltrametric,因此在使用 as.hclust.phylo() 时会返回错误。目标是在保留最大多样性的同时对树的尖端进行子采样,因此希望按指定数量的进化枝进行聚类(然后从每个进化枝中随机采样一个)。这将对具有不同数量所需样本的许多树进行。将无根树强制转换为 hclust 对象的任何帮助,或关于将树(系统对象)系统地折叠为预定义数量的进化枝的不同方法的建议,将不胜感激。
library("ape")
library("ade4")
tree <- rtree(n = 32)
tree.hclust <- as.hclust.phylo(tree)
dm <- cophenetic.phylo(tree)
single <- hclust(as.dist(dm), method="single")
cutSingle <- as.data.frame(cutree(single, k=10))
color <- cutSingle[match(tree$tip.label, rownames(cutSingle)), 'cutree(single, k = 10)']
plot.phylo(tree, tip.color=color)
最佳答案
我不知道这是否是你想要的,但首先你必须使用 chronos()
,
这是一个可以帮助您的答案:
How to convert a tree to a dendrogram in R?
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我是一名优秀的程序员,十分优秀!