r - igraph R中的顶点标签

Question

我正在使用 igraph 绘制非定向力网络。

我有一个 nodes 和 links 的数据框，如下所示:

> links
  source target  value sourceID targetID
1      3      4 0.6245  1450552  1519842
2      6      8 0.5723  2607133  3051992
3      9      7 0.7150  3101536  3025831
4      0      1 0.7695   401517   425784
5      2      5 0.5535  1045501  2258363

> nodes
      name group size
1   401517     1    8
2   425784     1    8
3  1045501     1    8
4  1450552     1    8
5  1519842     1    8
6  2258363     1    8
7  2607133     1    8
8  3025831     1    8
9  3051992     1    8
10 3101536     1    8

我使用 igraph 绘制这些如下:

gg <- graph.data.frame(links,directed=FALSE)
plot(gg, vertex.color = 'lightblue', edge.label=links$value, vertex.size=1, edge.color="darkgreen", 
     vertex.label.font=1, edge.label.font =1, edge.label.cex = 1, 
     vertex.label.cex = 2 )

在这个图上，igraph 使用了 source 和 target 的代理索引作为顶点标签。

我想在我的 links 表中使用真实 ID，表示为 sourceID 和 targetID 。

因此对于:

  source target  value sourceID targetID
1      3      4 0.6245  1450552  1519842

这将显示为:

(1450552) ----- 0.6245 ----- (1519842)

代替:

      (3) ----- 0.6245 ----- (4)

(请注意，代理索引在 links 数据帧中索引为零，而在 nodes 数据帧中索引为 1。这个偏移 1 对于 igraph 绘图是必需的)。

我知道我需要以某种方式将 match 或 map 代理索引转换为 name 数据帧中相应的 nodes。但是，我不知所措，因为我不知道 igraph 绘制标签的顺序。

我怎样才能做到这一点？

我咨询了以下问题无济于事:

Vertex Labels in igraph with R
how to specify the labels of vertices in R
R igraph rename vertices

Answer 1

您可以像这样指定标签:

 library(igraph)
gg <- graph.data.frame(
  links,directed=FALSE, 
  vertices = rbind(
    setNames(links[,c(1,4)],c("id","label")), 
    setNames(links[,c(2,5)], c("id","label"))))
plot(gg, vertex.color = 'lightblue', edge.label=links$value, 
     vertex.size=1, edge.color="darkgreen", 
     vertex.label.font=1, edge.label.font =1, edge.label.cex = 1, 
     vertex.label.cex = 2 )

你也可以通过

merge(rbind(
    setNames(links[,c(1,4)],c("id","label")), 
    setNames(links[,c(2,5)], c("id","label"))), 
    nodes, 
    by.x="label", by.y="name")

如果您需要其他节点属性，请添加到 vertices 参数。

数据:

 links <- read.table(header=T, text="
  source target  value sourceID targetID
1      3      4 0.6245  1450552  1519842
2      6      8 0.5723  2607133  3051992
3      9      7 0.7150  3101536  3025831
4      0      1 0.7695   401517   425784
5      2      5 0.5535  1045501  2258363")

 nodes <- read.table(header=T, text="
      name group size
1   401517     1    8
2   425784     1    8
3  1045501     1    8
4  1450552     1    8
5  1519842     1    8
6  2258363     1    8
7  2607133     1    8
8  3025831     1    8
9  3051992     1    8
10 3101536     1    8")