r - 按行名聚合大矩阵中的行

Question

我想通过在具有相同行名的行中添加值来聚合矩阵的行。我目前的做法如下:

> M
  a b c d
1 1 1 2 0
1 2 3 4 2
2 3 0 1 2
3 4 2 5 2
> index <- as.numeric(rownames(M))
> M <- cbind(M,index)
> Dfmat <- data.frame(M)
> Dfmat <- aggregate(. ~ index, data = Dfmat, sum)
> M <- as.matrix(Dfmat)
> rownames(M) <- M[,"index"]
> M <- subset(M, select= -index)
> M
   a b c d
 1 3 4 6 2
 2 3 0 1 2
 3 4 2 5 2

这种方法的问题是我需要将它应用于许多非常大的矩阵(最多 1.000 行和 30.000 列)。在这些情况下，计算时间非常长(使用 ddply 时存在同样的问题)。有没有更有效的解决方案？原始输入矩阵是来自 tm 包的 DocumentTermMatrix 是否有帮助？据我所知，它们以稀疏矩阵格式存储。

Answer 1

这是使用 by 的解决方案和 colSums ，但由于 by 的默认输出，需要一些摆弄.

M <- matrix(1:9,3)
rownames(M) <- c(1,1,2)
t(sapply(by(M,rownames(M),colSums),identity))
  V1 V2 V3
1  3  9 15
2  3  6  9