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我有一个看起来像这样的 df:
gene ID Probe ID Chromosome Start Stop
1: H3F3A 539154271 1 226259488 226259567
2: H3F3A 539154249 1 226259368 226259447
3: H3F3A 539154244 1 226259238 226259317
4: H3F3A 539154241 1 226259118 226259197
5: H3F3A 539154231 1 226258998 226259077
6: H3F3A 539154255 1 226258868 226258947
df 包含 7830 行,对应 40 个不同的基因 ID。
从这个 df,我想得到一个有 40 行的 df,每行对应于 40 个基因中的每一个,'Start' 将是第一个 Start 值,'Stop' 将是最后一个 Stop 值每个基因(即第一个基因的起始值是 226259488,终止值是 226258947。这个新的 df 看起来像(例如第一个基因 ID):
gene ID Probe ID Chromosome Start Stop
1: H3F3A 539154271 1 226259488 226258947
任何帮助都会很棒。谢谢
最佳答案
根据格式,它看起来像一个data.table
,所以使用data.table
方法,按'gene ID','Chromosome'分组,得到'Start'的first
,'Stop'的last
等列,汇总数据
library(data.table)
df[, .(`Probe ID` = first(`Probe ID`), Start = first(Start),
Stop = last(Stop)), by = .(`gene ID`, Chromosome)]
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我是一名优秀的程序员,十分优秀!