对多个数据帧进行排序并在 R 中对它们求和

Question

我有 10 个数据帧，每个数据帧有 2 列，我将数据帧称为 a、b、c、d、e、f、g、h、i 和 j。
每个数据框中的第一列称为 s 表示序列，第二列称为 p 表示对应于每个序列的 p 值。 s 列包含所有 10 个数据帧中的相同序列，本质上唯一的区别在于 p 值。
下面是数据框 a 的简短版本，它有 600,000 行。

s       p
gtcg    0.06
gtcgg   0.05
gggaa   0.07
cttg    0.05

我想按 p 值对每个数据帧进行排名，最小的 p 值应该获得 1 的等级，相等的 p 值应该获得相同的等级。每个最终数据帧应采用以下格式:

    s       p_rank_a
    gtcg    2
    gtcgg   1
    gggaa   3
    cttg    1

我用它来做一个:

r<-rank(a$p)

cbind(a$s,r)

但我对循环不是很熟悉，我不知道如何自动执行此操作。最终，我想要一个包含 s 列的最终文件，在下一列中是每个特定序列的所有数据帧的所有等级的等级总和。
所以基本上是这样的:

s       ranksum_P_a-j
gtcg    34
gtcgg   5
gggaa   5009093
cttg    499

请帮助和感谢!

Answer 1

对于单个 data.frame，您可以在一行中完成，如下所示:
感谢@Arun 指出使用 as.numeric(factor(p))

library(data.table)
aDT <- data.table(a)[, p_rank := as.numeric(factor(p))]

我建议将所有 data.frames 保存在一个列表中，以便您可以轻松地迭代它们。
由于您的 date.frames 是字母，因此很容易收集其中的十个:

# collect them all
allOfThem <- lapply(letters[1:10], get, envir=.GlobalEnv)   
# keep in mind you named an object `c`

# convert to DT and create the ranks
allOfThem <- lapply(allOfThem, function(x) data.table(x)[, p_rank := as.numeric(factor(p))])

单独说明:开始避免在 c 中命名对象“ R”和其他常用函数可能是个好习惯。 .否则，你会发现你会开始遇到许多“无法解释”的行为，在你打败了你的
靠在墙上一个小时试图调试它，你意识到你已经覆盖了一个函数的名称。这在我身上从未发生过:)