r - R-创建几列的非零最小值的新列

Question

我试图使用tidyverse和dplyr创建一个新列，该列是多个其他列的按行非零最小值，如果所有列均为0，则为0。一个简化的示例：

df <- data.frame(
  aa = c(0, 0, 0),
  bb = c(0, 1, 2),
  cc = c(2, 5, 3)
)

新列应为2、1和2。在这种情况下，以下代码可以工作，但是对于较大的data.frames，它的运行速度非常慢。

df2 <- df %>% 
  select(aa, bb, cc) %>% 
  rowwise() %>% 
  do( (.) %>% as.data.frame %>% mutate(minOver0 = ifelse(sum(.)==0,0,min(.[. > 0]))) ) %>%
  ungroup

我该怎么做才能加快速度？

Answer 1

由于您在注释中提到您没有负值，因此我们可以简单地将列中的零替换为NA，然后使用pmin，然后再次将NA替换为零。仅当表的其余部分中没有NA时，此方法才有效。

我向您扩展了数据框架：

df <- data.frame(
  aa = c(0, 0, 0,0),
  bb = c(0, 1, 2,0),
  cc = c(2, 5, 3,0),
  dd = c(0,0,0,0)
)

我们的结果现在应该是：c（2,1,2,0）

使用以下代码，我们添加仅包含这些值的列：

df3<-df  # copy the frame
df3[df3 == 0] <- NA # replace zeros by NA, replace by <0 if you want to ignore negative values too
# apply row-wise min function after removing NAs
df3<- df3%>% mutate(minover0= pmin(aa,bb,cc, na.rm = T)) 
df3[is.na(df3)] <- 0 # and return zeros, including the zero for the last (all-zero) row

我没有检查速度，但是我想这比您问题中的 rowwise()更快。