r - 二进制R热图仍显示渐变

Question

我正在尝试为R中的二进制数据矩阵(11 x〜1500)绘制热图。

heatmap(y, col = hmcols);

矩阵“y”看起来像这样

[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]
[1,]    0    0    0    0    1    1    1    1    1     1     1     1     1
[2,]    0    0    1    0    0    1    0    0    0     0     0     0     1
[3,]    0    0    0    0    0    1    1    1    1     0     0     1     1 ...etc...

我正在使用默认的距离和聚类功能，但是由于某些原因，我的热图显示了颜色的渐变。我也尝试使用二进制距离函数，尽管发生了类似的梯度变化。是否由于每个样本之间的距离而在样本中缺乏相似性？这是热图的图像:

https://www.dropbox.com/s/jz1r41lhnrkisvz/Rplots.pdf

我觉得这是由于我对默认距离和聚类函数如何对数据进行重新排序的确切了解不足。如何解释这些结果？

Answer 1

正如@Joran指出的那样，scale参数是可以使用的参数:

(注意:由于您没有提供完整的数据集，因此降低了维数并生成了随机数据)

颜色由col选择，如果您想要简单的黑白，可以进行col = c("black", "white")，但也可以使事情变得更有趣:

x <- matrix(sample(c(0, 1), 15*15, replace = TRUE), nrow = 15)
heatmap(x, scale = "none", Rowv = NA, Colv = NA, col = cm.colors(2), main = "HeatMap Example")