- html - 出于某种原因,IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好?
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景?
我想将 R 中的 hclust-dendrogram 导出到数据表中,以便随后将其导入另一个(“自制”)软件。 str(unclass(fit))
提供了树状图的文本概述,但我正在寻找的实际上是一个数字表。我看过 Bioconductor ctc 包,但它产生的输出看起来有些神秘。我想要类似这张表的东西:http://stn.spotfire.com/spotfire_client_help/heat/heat_importing_exporting_dendrograms.htm
有没有办法从 R 中的 hclust 对象中得到它?
最佳答案
如果有人也对树状图导出感兴趣,这是我的解决方案。最有可能的是,它不是最好的,因为我最近才开始使用 R,但至少它有效。因此,欢迎就如何改进代码提出建议。
所以,如果 hr
是我的 hclust 对象和 df
是我的数据,第一列包含一个从0开始的简单索引,行名是聚集项的名称:
# Retrieve the leaf order (row name and its position within the leaves)
leaf.order <- matrix(data=NA, ncol=2, nrow=nrow(df),
dimnames=list(c(), c("row.num", "row.name")))
leaf.order[,2] <- hr$labels[hr$order]
for (i in 1:nrow(leaf.order)) {
leaf.order[which(leaf.order[,2] %in% rownames(df[i,])),1] <- df[i,1]
}
leaf.order <- as.data.frame(leaf.order)
hr.merge <- hr$merge
n <- max(df[,1])
# Re-index all clustered leaves and nodes. First, all leaves are indexed starting from 0.
# Next, all nodes are indexed starting from max. index leave + 1.
for (i in 1:length(hr.merge)) {
if (hr.merge[i]<0) {hr.merge[i] <- abs(hr.merge[i])-1}
else { hr.merge[i] <- (hr.merge[i]+n) }
}
node.id <- c(0:length(hr.merge))
# Generate dendrogram matrix with node index in the first column.
dend <- matrix(data=NA, nrow=length(node.id), ncol=6,
dimnames=list(c(0:(length(node.id)-1)),
c("node.id", "parent.id", "pruning.level",
"height", "leaf.order", "row.name")) )
dend[,1] <- c(0:((2*nrow(df))-2)) # Insert a leaf/node index
# Calculate parent ID for each leaf/node:
# 1) For each leaf/node index, find the corresponding row number within the merge-table.
# 2) Add the maximum leaf index to the row number as indexing the nodes starts after indexing all the leaves.
for (i in 1:(nrow(dend)-1)) {
dend[i,2] <- row(hr.merge)[which(hr.merge %in% dend[i,1])]+n
}
# Generate table with indexing of all leaves (1st column) and inserting the corresponding row names into the 3rd column.
hr.order <- matrix(data=NA,
nrow=length(hr$labels), ncol=3,
dimnames=list(c(), c("order.number", "leaf.id", "row.name")))
hr.order[,1] <- c(0:(nrow(hr.order)-1))
hr.order[,3] <- t(hr$labels[hr$order])
hr.order <- data.frame(hr.order)
hr.order[,1] <- as.numeric(hr.order[,1])
# Assign the row name to each leaf.
dend <- as.data.frame(dend)
for (i in 1:nrow(df)) {
dend[which(dend[,1] %in% df[i,1]),6] <- rownames(df[i,])
}
# Assign the position on the dendrogram (from left to right) to each leaf.
for (i in 1:nrow(hr.order)) {
dend[which(dend[,6] %in% hr.order[i,3]),5] <- hr.order[i,1]-1
}
# Insert height for each node.
dend[c((n+2):nrow(dend)),4] <- hr$height
# All leaves get the highest possible pruning level
dend[which(dend[,1] <= n),3] <- nrow(hr.merge)
# The nodes get a decreasing index starting from the pruning level of the
# leaves minus 1 and up to 0
for (i in (n+2):nrow(dend)) {
if ((dend[i,4] != dend[(i-1),4]) || is.na(dend[(i-1),4])){
dend[i,3] <- dend[(i-1),3]-1}
else { dend[i,3] <- dend[(i-1),3] }
}
dend[,3] <- dend[,3]-min(dend[,3])
dend <- dend[order(-node.id),]
# Write results table.
write.table(dend, file="path", sep=";", row.names=F)
关于r - 将树状图导出为 R 中的表格,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/10088117/
我想做的是让 JTextPane 在 JPanel 中占用尽可能多的空间。对于我使用的 UpdateInfoPanel: public class UpdateInfoPanel extends JP
我在 JPanel 中有一个 JTextArea,我想将其与 JScrollPane 一起使用。我正在使用 GridBagLayout。当我运行它时,框架似乎为 JScrollPane 腾出了空间,但
我想在 xcode 中实现以下功能。 我有一个 View Controller 。在这个 UIViewController 中,我有一个 UITabBar。它们下面是一个 UIView。将 UITab
有谁知道Firebird 2.5有没有类似于SQL中“STUFF”函数的功能? 我有一个包含父用户记录的表,另一个表包含与父相关的子用户记录。我希望能够提取用户拥有的“ROLES”的逗号分隔字符串,而
我想使用 JSON 作为 mirth channel 的输入和输出,例如详细信息保存在数据库中或创建 HL7 消息。 简而言之,输入为 JSON 解析它并输出为任何格式。 最佳答案 var objec
通常我会使用 R 并执行 merge.by,但这个文件似乎太大了,部门中的任何一台计算机都无法处理它! (任何从事遗传学工作的人的附加信息)本质上,插补似乎删除了 snp ID 的 rs 数字,我只剩
我有一个以前可能被问过的问题,但我很难找到正确的描述。我希望有人能帮助我。 在下面的代码中,我设置了varprice,我想添加javascript变量accu_id以通过rails在我的数据库中查找记
我有一个简单的 SVG 文件,在 Firefox 中可以正常查看 - 它的一些包装文本使用 foreignObject 包含一些 HTML - 文本包装在 div 中:
所以我正在为学校编写一个 Ruby 程序,如果某个值是 1 或 3,则将 bool 值更改为 true,如果是 0 或 2,则更改为 false。由于我有 Java 背景,所以我认为这段代码应该有效:
我做了什么: 我在这些账户之间创建了 VPC 对等连接 互联网网关也连接到每个 VPC 还配置了路由表(以允许来自双方的流量) 情况1: 当这两个 VPC 在同一个账户中时,我成功测试了从另一个 La
我有一个名为 contacts 的表: user_id contact_id 10294 10295 10294 10293 10293 10294 102
我正在使用 Magento 中的新模板。为避免重复代码,我想为每个产品预览使用相同的子模板。 特别是我做了这样一个展示: $products = Mage::getModel('catalog/pro
“for”是否总是检查协议(protocol)中定义的每个函数中第一个参数的类型? 编辑(改写): 当协议(protocol)方法只有一个参数时,根据该单个参数的类型(直接或任意)找到实现。当协议(p
我想从我的 PHP 代码中调用 JavaScript 函数。我通过使用以下方法实现了这一点: echo ' drawChart($id); '; 这工作正常,但我想从我的 PHP 代码中获取数据,我使
这个问题已经有答案了: Event binding on dynamically created elements? (23 个回答) 已关闭 5 年前。 我有一个动态表单,我想在其中附加一些其他 h
我正在尝试找到一种解决方案,以在 componentDidMount 中的映射项上使用 setState。 我正在使用 GraphQL连同 Gatsby返回许多 data 项目,但要求在特定的 pat
我在 ScrollView 中有一个 View 。只要用户按住该 View ,我想每 80 毫秒调用一次方法。这是我已经实现的: final Runnable vibrate = new Runnab
我用 jni 开发了一个 android 应用程序。我在 GetStringUTFChars 的 dvmDecodeIndirectRef 中得到了一个 dvmabort。我只中止了一次。 为什么会这
当我到达我的 Activity 时,我调用 FragmentPagerAdapter 来处理我的不同选项卡。在我的一个选项卡中,我想显示一个 RecyclerView,但他从未出现过,有了断点,我看到
当我按下 Activity 中的按钮时,会弹出一个 DialogFragment。在对话框 fragment 中,有一个看起来像普通 ListView 的 RecyclerView。 我想要的行为是当
我是一名优秀的程序员,十分优秀!