使用命令行选项从 R 中运行 Windows 可执行文件

Question

我正在尝试调用名为 AMDIS 的 Windows 程序从 R 中使用调用

system("C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF")

为了对名为 /S 的文件进行分析(使用 CI23_Q_120828_01.CDF 开关指定) ，但似乎无论我尝试什么，文件都没有正确加载，大概是因为没有传递选项。有谁知道我可能做错了什么？

现在这个命令要么

什么都不做，

使 AMDIS 弹出，但它不加载我指定的文件

给我错误

警告信息:

running command 'C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF' had status 65535

(我不知道是什么导致了相同命令的这些不同结果)

(AMDIS 命令行选项在第 8 页 here 中描述)

干杯，
汤姆

编辑:
发现它与正向与反斜杠有关 - 运行

system("C:\\NIST08\\AMDIS32\\AMDIS_32.EXE C:\\Users\\Ento\\Documents\\GCMS\\test_cataglyphis_iberica\\queens\\CI23_Q_120828_01.CDF /S /E")

似乎工作 - 谢谢大家的建议!

Answer 1

您听说过 bquote , noquote , sQuote , dQuote , quote enquote和 Quotes , 现在见面 shQuote !!! :-)

这个小函数调用用于格式化要传递给操作系统 shell 的字符串。就我个人而言，我发现我可以卷入反斜杠逃离 hell ，和 shQuote救了我。只需像在您选择的命令行上一样输入字符串( 'sh' 对于 Unix 类似，如 bash ， csh 对于 C-shell 和 'cmd' 对于 Windows shell )和 shQuote它将格式化来自 R 的调用使用系统:

shQuote("C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF" , type = "cmd" )
#[1] "\"C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF\""

更一般地，您可以使用 shQuote像这样:

system( shQuote( "mystring" , type = c("cmd","sh") ) , ... )