r - 使用对比度包的 lm 对比度

Question

我正在使用 contrast为 lm 构建对比的包在 R .使用以下代码，我在 Trt1 和 Trt3 之间进行对比。

Y <- c(10, 12, 14, 16, 9, 8)
Trt <- gl(n=3, k=2, length=3*2)
Data1 <- data.frame(Y, Trt)

Data1.lm <- lm(Y~Trt, data = Data1)

library(contrast)
Contrs1 <- contrast(Data1.lm, a=list(Trt="1"), b=list(Trt="3"), type = "average")
print(Contrs1, X=TRUE)

我想对(Trt1 和 Trt2)和 Trt3 的平均值进行对比。我用了这个代码

Contrs2 <- contrast(Data1.lm, a=list(Trt="1", Trt="2"), b=list(Trt="3"), type = "average")
print(Contrs2, X=TRUE)

lm model parameter contrast

  Contrast     S.E.    Lower    Upper    t df Pr(>|t|)
1      6.5 1.224745 2.602315 10.39768 5.31  3   0.0131

Contrast coefficients:
  (Intercept) Trt2 Trt3
1           0    1   -1

我可以看到这不是所需的对比度。我想知道如何与 contrast 获得正确的对比度包裹在 R .在这方面的任何帮助将不胜感激。谢谢

附言我知道对 aov 使用对比矩阵函数在 R但是对于这个特定的问题，我想使用 contrast包裹。

Answer 1

您应该将包含的处理水平指定为向量 ( Trt=c("1","2") )，而不是列表。我通过查看 ?contrast.lm 中的示例发现了这一点。 (尽管无可否认，了解您要查找的内容会有所帮助):

Contrs2 <- contrast(Data1.lm, a=list(Trt=c("1","2")), b=list(Trt="3"),
                    type = "average")
print(Contrs2, X=TRUE)
## lm model parameter contrast
##   Contrast    S.E.    Lower    Upper    t df Pr(>|t|)
## 1      4.5 1.06066 1.124506 7.875494 4.24  3    0.024