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我想使用来自不同阻塞结构的不同实验的数据来做一个元模型。为此,我需要为同一模型中每个实验的数据指定不同的分块结构(随机效应结构)。 Genstat 有一个名为 vrmeta
的函数这样做(有关更多信息,请参阅 here),但我更喜欢在 R 中工作,而且我不知道如何在 R 中进行。
例如,一个实验有块和主图,而另一个实验有块、主图和 split 图。我尝试为每个实验的块和图提供唯一的列,然后将模型编码为:
model <- lmer(response<-treatment1*treatment2*exp+
(1|EXP1block/EXP1main)+
(1|EXP2block/EXP2main/EXP2split),
data=df)
Error: Invalid grouping factor specification, EXP1main:EXP1block
lme4
但如果这在不同的包中更容易,请告诉我。
df<-structure(list(exp = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("EXP1", "EXP2"
), class = "factor"), treatment1 = structure(c(2L, 2L, 1L, 1L,
2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L), .Label = c("N",
"Y"), class = "factor"), treatment2 = c(40L, 60L, 40L, 60L, 40L,
60L, 40L, 60L, 40L, 60L, 40L, 60L, 40L, 60L, 40L, 60L), response = c(780L,
786L, 784L, 778L, 869L, 844L, 734L, 784L, 963L, 715L, 591L, 703L,
925L, 720L, 642L, 678L), EXP1block = structure(c(1L, 1L, 1L,
1L, 2L, 2L, 2L, 2L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), .Label = c("A",
"B"), class = "factor"), EXP1main = c(1L, 2L, 3L, 4L, 1L, 2L,
3L, 4L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), EXP2block = structure(c(NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("A",
"B"), class = "factor"), EXP2main = c(NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA, NA, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L), EXP2split = structure(c(NA,
NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L), .Label = c("a",
"b"), class = "factor")), class = "data.frame", row.names = c(NA,
-16L))
最佳答案
这是使用 dummy()
的解决方案.
NA
值与 非北美 值(value)观;它们是什么并不重要,因为它们将被乘以零和/或被忽略......(可能有一个 tidyverse 和/或更简单的版本)rep_nafac <- function(x,rval="other") {
if (!any(is.na(x))) return(x)
w <- which(is.na(x))
old_lev <- levels(x)
x <- as.character(x)
x[is.na(x)] <- rval
x <- factor(x,levels=c(old_lev,rval))
return(x)
}
df_nona <- lapply(df,
function(x) if (!is.factor(x))
replace(x,which(is.na(x)),1)
else rep_nafac(x))
dummy(exp,"level")+0
拟合模型作为每个分组变量的处理效果:这有效地将随机变量乘以指示变量,以判断观察是否在焦点组中。 library(lme4)
model <- lmer(response ~ treatment1*treatment2*exp+
(dummy(exp,"EXP1")+0|EXP1main)+
(dummy(exp,"EXP2")+0|EXP2main/EXP2split),
data=df_nona)
Random effects:
Groups Name Std.Dev.
EXP2split:EXP2main dummy(exp, "EXP2") 33.361
EXP1main dummy(exp, "EXP1") 7.706
EXP2main dummy(exp, "EXP2") 33.271
Residual 34.018
关于r - 为同一混合模型中的子集指定不同的随机结构?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/59030185/
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我是一名优秀的程序员,十分优秀!