r - 如何根据R中其他列中的数据有条件地执行减法？

Question

我有一个数据集，用于计算基因之间的距离。这涉及从当前行的“bp.snp”列中减去下面一个基因行的“bp.snp”列，以给出当前行/基因与下一行的距离。

但是，对于新染色体的每次开始，我都不想执行减法，我如何在 for 循环中考虑到这一点？

我的数据如下所示:

Gene  Chromosome  bp.snp  
ACE        1        1   
NOTCH      1        2   
BRCA       1        3   
HER        2       7000 
GABA       2       7001  
P53        3       20000 
APX1       3       20001 

我希望输出列如下所示:

Gene  Chromosome  bp.snp   distance
ACE        1        1         1
NOTCH      1        2         1
BRCA       1        3         0/NA
HER        2       7000       1
GABA       2       7001       0/NA
P53        3       20000      1
APX1       3       20001      1

所以它忽略了每次染色体变化时执行 bp.snp 减法。

我的代码目前是这样的:

df$distance <- NA
for(i in 1:(nrow(df) - 1)) {
  df$distance[i] = df$bp.snp1[i+1] - df$bp.snp1[i]}

我不知道如何开始基本上要求代码做“每次染色体列增加 1 时不执行循环中的减法”

Answer 1

您可以使用 ave和 diff计算每 Chromosome 的距离.

df$distance  <- ave(df$bp.snp, df$Chromosome, FUN=function(x) c(diff(x), NA))
df
#   Gene Chromosome bp.snp distance
#1   ACE          1      1        1
#2 NOTCH          1      2        1
#3  BRCA          1      3       NA
#4   HER          2   7000        1
#5  GABA          2   7001       NA
#6   P53          3  20000        1
#7  APX1          3  20001       NA

或者您只需计算所有差异并将其设置为 NA , 在您有差异的地方 Chromosome .

df$distance <- c(diff(df$bp.snp), NA)
df$distance[c(diff(df$Chromosome) > 0, FALSE)]  <- NA
#   Gene Chromosome bp.snp distance
#1   ACE          1      1        1
#2 NOTCH          1      2        1
#3  BRCA          1      3       NA
#4   HER          2   7000        1
#5  GABA          2   7001       NA
#6   P53          3  20000        1
#7  APX1          3  20001       NA