r - 如何将 R 中的数据框绘制为热图/网格？

Question

我将非常感谢 R 的一些帮助。我想绘制一个网格数据的数据框(比如沿着对角线，从左上角到右下角)。我已经看到很多使用 ggplot2 的例子，但是，我只是缺乏使用 R 操作数据结构所需的经验；我多年来一直在用 LISP 和 Java 编程，但我的头脑不会绕过 R :-(

数据如下所示:

                    tension    cluster     migraineNoAura          migraineAura
tension                  NA          1.5        6.960453e+00          3.596953
cluster        1.943113e+08           NA                  NA                NA
migraineNoAura 8.462798e+00           NA                  NA          7.499999
migraineAura   2.833333e+00           NA        7.148313e+07                NA

这只是一个很小的子集，它是一个 60x60 的数据帧。注意 NA 。

我希望有一个 60x60 的网格，由值和使用数据框中名称标记的 x 和 y 着色。

Answer 1

首先，您需要将数据框从宽格式格式化为长格式。以下是使用 tidyverse 格式化数据帧的示例。

library(tidyverse)

dt2 <- dt %>%
  rownames_to_column() %>%
  gather(colname, value, -rowname)
head(dt2)
#          rowname colname        value
# 1        tension tension           NA
# 2        cluster tension 1.943113e+08
# 3 migraineNoAura tension 8.462798e+00
# 4   migraineAura tension 2.833333e+00
# 5        tension cluster 1.500000e+00
# 6        cluster cluster           NA

现在我们准备使用 ggplot2 来绘制使用 geom_tile 的热图。

ggplot(dt2, aes(x = rowname, y = colname, fill = value)) +
  geom_tile()