r - 按列名标识填充矩阵

Question

我有很多样本，每个样本都有一个对应的丰度矩阵。从这些丰度矩阵中，我想创建一个大矩阵，其中包含行中每个样本的丰度信息。

例如，单个丰度矩阵如下所示:

           A  B  C  D 
sample1    1  3  4  2

其中 A、B、C 和 D 代表列名，丰度是行值。

我想通过匹配 colname 值来填充我的较大矩阵，该矩阵将所有可能的字母 (A:Z) 和所有可能的样本 (sample1:sampleN) 作为列命名为行。

例如。 :

         A  B  C  D  E  F  G ....  Z
sample1  1  3  4  2  NA NA NA ....
sample2  NA NA 2  5  7  NA NA ....
sample3  4  NA 6  9  2  NA 2 .....
....
sampleN

不同的 sample 具有不同的丰度组合，没有保证的顺序。

当迭代添加到这个更大的矩阵时，我如何确保正确的列由正确的丰度值填充(例如，列“A”仅由对应于不同样本中“A”丰度的值填充)？谢谢!

Answer 1

开始数据，稍微改变以突出差异:

m1 <- as.matrix(read.table(header=TRUE, text="
           A  B  C  Z
sample1    1  3  4  2"))
m2 <- as.matrix(read.table(header=TRUE, text="
         A  B  C  D  E  F  G
sample2  NA NA 2  5  7  NA NA
sample3  4  NA 6  9  2  NA 2"))

首先，我们需要确保两个矩阵具有相同的列名:

newcols <- setdiff(colnames(m2), colnames(m1))
m1 <- cbind(m1, matrix(NA, nr=nrow(m1), nc=length(newcols), dimnames=list(NULL, newcols)))
newcols <- setdiff(colnames(m1), colnames(m2))
m2 <- cbind(m2, matrix(NA, nr=nrow(m2), nc=length(newcols), dimnames=list(NULL, newcols)))

m1
#         A B C Z  D  E  F  G
# sample1 1 3 4 2 NA NA NA NA
m2
#          A  B C D E  F  G  Z
# sample2 NA NA 2 5 7 NA NA NA
# sample3  4 NA 6 9 2 NA  2 NA

现在我们将它们结合起来；普通 cbind还需要对齐列名:

rbind(m2, m1[,colnames(m2),drop=FALSE])
#          A  B C  D  E  F  G  Z
# sample2 NA NA 2  5  7 NA NA NA
# sample3  4 NA 6  9  2 NA  2 NA
# sample1  1  3 4 NA NA NA NA  2