R-Heatmap.2 在禁用列树状图后删除标题和实际热图之间留下的巨大空间

Question

我正在绘制一个 759*12 双矩阵 twoway.expr.005使用 heatmap.2()

library(gplots)
dist2 <- function(x, ...){as.dist(1-cor(t(x), method="pearson"))}
heatmap.2(x=twoway.expr.005,col=bluered(75), main="Heatmap:759 genes\nTwosided Pval<0.05",tracecol= NULL, cexCol=0.8,cexRow=0.5,labCol=labs,distfun=dist2,scale="row",key=F,dendrogram='row',Colv=F)

但是因为我正在设置 dendrogram='row' (列树状图已关闭)和 key=F ，当我尝试将其保存为 PDF 时，我的热图在图的标题和实际图之间留下了巨大的空白。



我尝试按照建议设置 lhei 。我使用过 lhei=c(1,4) 但它仍然显示标题和情节之间有很多空间:

heatmap.2(x=twoway.expr.005,col=bluered(75), main="Heatmap:759 genes\nTwosided Pval<0.05",tracecol= NULL, cexCol=0.8,cexRow=0.5,labCol=labs,distfun=dist2,scale="row",key=F,dendrogram='row',Colv=F,lhei=c(1,4))

设置 lhei=c(1,5) 完全丢掉标题:

heatmap.2(x=twoway.expr.005,col=bluered(75), main="Heatmap:759 genes\nTwosided Pval<0.05",tracecol= NULL, cexCol=0.8,cexRow=0.5,labCol=labs,distfun=dist2,scale="row",key=F,dendrogram='row',Colv=F,lhei=c(1,5))

我认为 Heatmap.2 的设计方式是标题始终位于列树状图上方。所以如果列树状图被禁用，它会留下一个空白空间，但标题的位置仍然在“禁用”列树状图的上方。有什么办法可以破解代码，使标题不放在列树状图上方(这可能是解决此问题的方法)？还可以做些什么来消除标题和实际情节之间的空间？

Answer 1

heatmap.2 的 lhei 参数可用于解决此问题。它需要一个长度为 2 的向量，表示绘图布局的行的相对高度。

Heatmap.2 使用 layout 函数将绘图区域划分为四个块。本质上，您希望控制第一个相对于第二个的高度。为此，请将 lhei 设置为类似 c(1, 10) 的值。这将使底行(即热图所在的位置)是顶行的 10 倍，顶行通常具有行的树状图和颜色键。

布局文档有更多细节。