r - 带有数据点的 barplot() - base R

Question

我正在尝试在 base R 中绘制带有数据点的条形图。

我正在使用 base R，因为不可能以简单的方式在 ggplot 中创建纹理填充(例如，请参阅 here，而 ggtexture 不会允许复杂的编辑)。

使用 barplot() 函数和 points()，我可以这样做:

library(tidyverse)

#Sample data
data <- iris %>% 
  group_by(Species) %>% 
  summarise(m = mean(Sepal.Length), 
            se = sd(Sepal.Length)/
              sqrt(sum(!is.na(Sepal.Length)))) %>% 
  ungroup()

chart <- barplot(height=data$m, names=data$Species,
        density = c(5, 5, 5),
        angle = c(0,45,90),
        col = "brown",
        width = c(0.1,0.1,0.1), 
        font.axis = 2, 
        border = c("black"), 
        lwd = 2)

points(x = chart,
       y = data$m)

但是，我想创建类似于下面的内容:

iris %>% 
  group_by(Species) %>% 
  summarise(m = mean(Sepal.Length), 
            se = sd(Sepal.Length)/
              sqrt(sum(!is.na(Sepal.Length)))) %>% 
  ungroup() %>%
  ggplot(aes(Species, m, 
             group = Species, 
             color = Species, 
             shape = Species)) + 
  geom_bar(stat = "identity", fill="white",
           color="black") +
  geom_jitter(
    aes(Species, Sepal.Length),
    data = iris) 

Answer 1

使用 barplot 输出作为标签将 Species 转换为因子。然后使用 as.numeric(as.character(x))) 方法转换回数字时，点出现在每个组的正确位置。

# op <- par(xpd=TRUE)
b <- barplot(with(iris, tapply(Sepal.Length, Species, mean)), density=c(5, 5, 5), 
             angle=c(0, 45, 90), 
             col="brown", 
             width=c(0.1, 0.1, 0.1), 
             font.axis=2, 
             border=c("black"), 
             lwd=2, 
             ylim=c(0, max(jitter(iris$Sepal.Length)) * 1.15)  ## better use dynamic ylim
             )
iris$Species.f <- factor(iris$Species, labels=b)
with(iris, points(jitter(as.numeric(as.character(iris$Species.f))), 
                  jitter(Sepal.Length), pch=as.numeric(Species) + 14, 
                  col=as.numeric(Species) + 1, cex=.8))
legend("topleft", title="Species", legend=levels(iris$Species), 
       pch=seq(levels(iris$Species)) + 14, col=seq(levels(iris$Species)) + 1, 
       horiz=TRUE, cex=.8)
box(lwd=2)
# par(op)