r - 使用栅格写入压缩的 netCDF4 文件

Question

我想使用 raster 包编写压缩的 netCDF4 文件。ncdf4 和 rgdal 安装正确。

但是，以下内容无法返回 netCDF4 压缩文件:

library(raster)
r <- raster() <- runif(86400)
r[] <- <- runif(86400)
writeRaster(r, "test.nc", options=c("COMPRESS=DEFLATE", "FORMAT=NC4"))

事实上它只是返回一个标准的 netCDF 文件:

bash $ > cdo sinfo test.nc 
   File format : netCDF

不仅未压缩，甚至连 netCDF4 也没有。

根据 GDAL 文档，这些选项应该有效(请参阅“创建选项”下的 here)。根据光栅手册，在 writeRaster 下:

options: Character. File format specific GDAL options. E.g., when writing a geotiff file you can use: options=c("COMPRESS=NONE", "TFW=YES")

有什么问题吗？

Answer 1

ncdf 文件不是通过 GDAL 编写的，因为 rgdal 包(至少是 Windows 上的二进制版本)没有随 ncdf 驱动程序一起提供。相反，writeRaster 使用包 ncdf 或(最好)ncdf4，因此您必须使用 ncdf4 包提供的参数(在 ncvar_def 函数中).也就是说，您可以执行例如 compression=7，这会自动将文件转换为 ncdf4 格式。但是，raster 的当前版本会忽略这些参数。我已在 R-Forge 的开发版本(版本 2.4-7)中修复了该问题，这样您就可以:

writeRaster(r, "test.nc", datatype='INT2S', force_v4=TRUE, compression=7)   

(force_v4 参数传递给 nc_create)。