r - 在 Rcpp 中调用 R 函数

Question

这个问题在这里已经有了答案:





Call a function from c++ via environment Rcpp

(1 个回答)


5年前关闭。




我试图在 Rcpp 中调用 sd(x)，它是一个 R 函数。我看过一个在 Rcpp 中调用 R 函数 dbat(x) 的例子，它工作得很好。

// dens calls the pdf of beta distribution in R
//[[Rcpp::export]]
double dens(double x, double a, double b)
{
    return R::dbeta(x,a,b,false);
}

但是当我厌倦了将这种方法应用于 sd(x) 如下时，它出错了。

// std calls the sd function in R
//[[Rcpp::export]]
double std(NumericVector x)
{
  return R::sd(x);
}

有谁知道为什么这不起作用？

Answer 1

您的代码存在一些问题。

std与C++ Standard Library namespace有关

这是触发:

error: redefinition of 'std' as different kind of symbol

R::是处理 Rmath functions 的命名空间.其他 R函数将 不是 在这个范围内找到。

要从 C++ 中直接调用 R 函数，您必须使用 Rcpp::Environment和 Rcpp::Function如示例中给出的 sd_r_cpp_call() .

这种方法有很多问题，包括但不限于速度损失。

最好使用Rcpp sugar表达式或实现您自己的方法。

说了这么多，让我们来谈谈代码:

#include <Rcpp.h>

//' @title Accessing R's sd function from Rcpp
// [[Rcpp::export]]
double sd_r_cpp_call(const Rcpp::NumericVector& x){

  // Obtain environment containing function
  Rcpp::Environment base("package:stats"); 

  // Make function callable from C++
  Rcpp::Function sd_r = base["sd"];    

  // Call the function and receive its list output
  Rcpp::NumericVector res = sd_r(Rcpp::_["x"] = x,
                                 Rcpp::_["na.rm"]  = true); // example of additional param

  // Return test object in list structure
  return res[0];
}


// std calls the sd function in R
//[[Rcpp::export]]
double sd_sugar(const Rcpp::NumericVector& x){
  return Rcpp::sd(x); // uses Rcpp sugar
}

/***R
x = 1:5
r = sd(x)
v1 = sd_r_cpp_call(x)
v2 = sd_sugar(x)

all.equal(r,v1)
all.equal(r,v2)
*/