r - ggplot2 和 ggdendro - 在节点叶子下绘制颜色条

Question

目前我正在使用 ggplot2和 ggdendro绘制树状图。但是现在我需要在叶子下绘制一个离散变量和标签。

例如，在一篇出版物(Zhang 等人，2006 年)中，我看到了一个这样的树状图(注意叶子标签下的颜色条):



我有兴趣使用 ggdendro + ggplot2 做同样的事情，使用我已经装箱的数据。这可能吗？

Answer 1

首先，您需要为颜色条制作数据框。例如我使用了数据 USArrests - 使用 hclust() 进行聚类函数并保存对象。然后使用此聚类对象使用函数 cutree() 将其划分为聚类并保存为列簇。栏目 states包含聚类对象的标签 hc并且此对象的级别与 hc 的输出中的顺序相同.

library(ggdendro)
library(ggplot2)
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
df2<-data.frame(cluster=cutree(hc,6),states=factor(hc$labels,levels=hc$labels[hc$order]))
head(df2)
           cluster     states
Alabama          1    Alabama
Alaska           1     Alaska
Arizona          1    Arizona
Arkansas         2   Arkansas
California       1 California
Colorado         2   Colorado

现在将两个图保存为对象 - 用 geom_tile() 制作的树状图和颜色条使用 states作为 x 值和 cluster颜色的编号。完成格式化以删除所有轴。

p1<-ggdendrogram(hc, rotate=FALSE)


p2<-ggplot(df2,aes(states,y=1,fill=factor(cluster)))+geom_tile()+
  scale_y_continuous(expand=c(0,0))+
  theme(axis.title=element_blank(),
        axis.ticks=element_blank(),
        axis.text=element_blank(),
        legend.position="none")

现在您可以使用@Baptiste 的回答 this question对齐两个图。

library(gridExtra)

gp1<-ggplotGrob(p1)
gp2<-ggplotGrob(p2)  

maxWidth = grid::unit.pmax(gp1$widths[2:5], gp2$widths[2:5])
gp1$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)
gp2$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)

grid.arrange(gp1, gp2, ncol=1,heights=c(4/5,1/5))