r - 使用 R 将每个条目的列合并到大型数据集中的新行中

Question

我有一个格式化的文本文件:

geneID1 A   C   C   C   C   C  
geneID2 T   T   T   T   T   T

有 52, 749 行基因 ID 和 152 列数据，我的文本文件没有标题。我想将每两列数据合并为一列，将数据交替到每行中，最终得到 76 列数据。例如:

geneID1 A   C   C  
geneID1 C   C   C  
geneID2 T   T   T  
geneID2 T   T   T 

我可以使用 paste0 将列合并在一起命令，但这不是我想要的，因为这只是将两列数据粘贴在一起。
任何帮助是极大的赞赏。谢谢。

Answer 1

假设您的文件是 data.frame:

tab=read.table(text="geneID1 A   C   C   C   C   C  
geneID2 T   T   T   T   T   T",row.names=1)

我们必须使用以下方法使所有内容都成为字符:

apply(tab,2,as.character)

我们可以使它成为一个向量行，这样做:

c(t(apply(tab,2,as.character)))
[1] "A" "C" "C" "C" "C" "C" "T" "T" "T" "T" "T" "T"

现在，我们只需要把它放回去，把它变成一个矩阵，用原来的列数的 1/2

newdf = matrix(c(t(apply(tab,2,as.character))),ncol=ncol(tab)/2,byrow=TRUE)
newdf
     [,1] [,2] [,3]
[1,] "A"  "C"  "C" 
[2,] "C"  "C"  "C" 
[3,] "T"  "T"  "T" 
[4,] "T"  "T"  "T" 

我们给它一个 ID，因为不允许重复的行名:

newdf= data.frame(
ID=rep(rownames(tab),each=2),
matrix(c(t(apply(tab,2,as.character))),ncol=ncol(tab)/2,byrow=TRUE)
)
newdf
       ID X1 X2 X3
1 geneID1  A  C  C
2 geneID1  C  C  C
3 geneID2  T  T  T
4 geneID2  T  T  T