r - 在 R 中自动创建个人图书馆

Question

当你尝试在 R 中安装一个包并且你没有访问默认库路径的权限时，R 会问你:

Would you like to use a personal library instead?

Would you like to create a personal library '~/path' to install packages into?

但是，如果您正在运行 Rscript，则不会显示这些消息并且安装将失败。我可以预先定义一个特定的路径并指示 install.packages来使用它，但我不想创建一个额外的库路径来特定于这个 Rscript。我只想使用默认的个人库。有没有办法在不需要交互的情况下强制创建个人图书馆？

Answer 1

您可以使用 Sys.getenv("R_LIBS_USER")获取本 map 书馆搜索位置。
这就是我最终做的，这似乎有效(最难的部分是测试解决方案，因为问题仅在您第一次尝试安装软件包时出现):

# create local user library path (not present by default)
dir.create(path = Sys.getenv("R_LIBS_USER"), showWarnings = FALSE, recursive = TRUE)
# install to local user library path
install.packages(p, lib = Sys.getenv("R_LIBS_USER"), repos = "https://cran.rstudio.com/")
# Bioconductor version (works for both Bioconductor and CRAN packages)
BiocManager::install(p, update = FALSE, lib = Sys.getenv("R_LIBS_USER"))

正如@hrbrmstr 在评论中指出的那样，强制安装软件包可能不是一个好主意，因此使用风险自负。