r - 如何使用 GEOquery 包提取示例标题(名称)？

Question

GEOquery是一个很棒的 R 包，用于检索和分析存储在 NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) database 中的基因表达数据.我使用了以下提供的代码 GEO2R GEO 数据库的服务(生成初始 R 脚本以自动分析您所需的数据)以提取一些 GEO 系列实验:

gset <- getGEO("GSE10246", GSEMatrix =TRUE)
if (length(gset) > 1) idx <- grep("GPL1261", attr(gset, "names")) else idx <- 1
    gset <- gset[[idx]]
gset # displays a summary of the data stored in this variable

问题是我无法从中检索示例标题。我找到了一些功能 Columns()适用于 GDS 数据集并返回样本名称，但不适用于 GSE。
请注意，我对样本登录 ID(即 GSM258609 GSM258610 等)不感兴趣，我想要的是样本人类可读的标题。
有什么想法吗？谢谢

Answer 1

后

gset <- getGEO("GSE10246", GSEMatrix =TRUE)

gset是一个简单的列表，它的第一个元素是 ExpressionSet ，样本信息在 phenoData或 pData ，所以也许你正在寻找

pData(gset[[1]])

见 ?ExpressionSet更多。