r - 几乎开始使用 Sweave

Question

我的问题可能没有标题所暗示的那么笼统。我在 Mac OS X 上使用 MySQL 数据库运行 R 来存储数据。我使用 Komodo/Sciviews-R 已经有一段时间了。最近我需要自动生成的报告并研究了 Sweave。我猜 StatET/Eclipse 似乎是 Swavers 的“标准”解决方案。

1) 从 Komodo 切换到 StatET Eclipse 是否合理？我之前尝试过 StatET 但选择 Komodo 而不是 StatET 因为我非常喜欢来自 Komodo 的 calltip/autosuggest 和更方便的配置。

2) 生成 Sweave 文件的合理工作流程是什么？通常我会先开发我的 R 代码，然后再关心报告。我今天刚刚了解到 Sweave 中有一个文件同时包含 R 代码和 Latex 代码，并且从这个文件中创建了 .tex 文档。虽然示例文件看起来很方便，但无法想象如何将我的 250 多行 R 代码输入到文件中并将其与 Latex 混合。

是否可以将 qplot() 和 ggplot() 语句输入到这样的文档中，并以某种方式获取数据库连接和中间结果等功能？

还是只是习惯了 Latex 和 R 代码的混合？

感谢您提供任何建议、提示、链接和回归本源的大喊大叫……

Answer 1

你已经问了几个问题，所以这里有几个答案；

StatEt/Eclipse 是 Sweave 的正确方法吗？

不一定(注意:我是一个狂热的 StatEt/Eclipse 用户，将它用于纯 R 和 Sweave/R 并且喜欢它，我没有使用过 Komodo/sciviews-R)。您应该能够从将生成 .tex 文件的任何 R 命令行运行 sweave 命令。然后，您可以将 .tex 文件从任何 tex 环境转换为可读的文件(如 pdf)。

什么是好的 Sweave 工作流程？

当我想将 r 脚本转换为 sweave 报告时，我通常从一个空的 sweave 模板开始，然后将我的整个 R 脚本复制/粘贴到标题后面的 sweave R 块中，即；

<<label=myEntireRScript, echo=false, include=false>> 
#Insert code here
myTable<-dataframe(...)
myPlot<-qplot(....)
@ 

然后我浏览并找到我想要报告的部分。例如，如果我想将一个表格放入报告中，我将剪切 R 块并放入一个 xtable 块，变量和绘图也是如此。

<<label=myEntireRScript, echo=false, include=false>>=  
#Insert code here
@ 
Put any text I want before my table here, maybe with a \Sexpr{print(variable)} named variable

<<label=myTable, result=Tex>>= 
myTable<-dataframe(...)
print(xtable(mytable,...),...)
@ 
Any text I want before my figure
<label=myplot, result=figure>>= 
myPlot<-qplot(....)
print(qplot)
@