r - 在选定的环境中加载 r 包

Question

我是 R 包开发和堆栈溢出的新手，但我无法在任何地方找到这些信息。

我正在尝试加载 R 包鼠标，而不会污染我的命名空间。我试过只导入我正在使用的函数，但没有奏效。所以我会满足于在一个特定的环境中加载整个包，如下所示:

e <- new.env()
load_package_into_environment(e, package = "mice")
eval(mice(data, m = m, maxit = max.iter, printFlag = F), envir = e)

但是，我无法找到替换“load_package_into_environment”占位符的实际功能。什么功能(如果有的话)可以实现这一点？

编辑:这是我正在使用的文件以及我必须提供更多详细信息的问题。

文件:描述

Package: bug.example2
Title: Example of Package Loading Bug
Version: 0.0.0.9000
Authors@R: person("R", "Woodbridge", email = "example@gmail.com", role = c("aut", "cre"))
Description: Creates a wrapper function for mice::mice function.
Depends:
    R (>= 3.2.3),
    data.table (>= 1.9.6)
License:
LazyData: true
Imports: mice
RoxygenNote: 5.0.1

文件:NAMSPACE(由 roxygen 自动生成)

import(data.table)
importFrom(mice,mice)
importFrom(mice,mice.impute.logreg)
importFrom(mice,mice.impute.pmm)
importFrom(mice,mice.impute.polr)
importFrom(mice,mice.impute.polyreg)

文件:impute.R(使用mice包中的mice函数)

#' @import data.table
#' @importFrom mice mice
#' @importFrom mice mice.impute.pmm
#' @importFrom mice mice.impute.logreg
#' @importFrom mice mice.impute.polyreg
#' @importFrom mice mice.impute.polr
#' @export
impute <- function(data, m = 5, max.iter = 5){

mice_environment <- new.env()


#Impute missing data using mice function, output format is mids object
mice.out <- mice(data, m = m, maxit = max.iter, printFlag = F)

#save the m imputed data.frames as a list of data.tables
return.list <- lapply(1:m, function(x){
                                    as.data.table(complete(mice.out, x))
                                      })
names(return.list) <- paste0("imp.",1:m)
return.list
}

文件:test-impute.R(使用 testthat 包来测试 impute 函数)

context("Impute missing values")
test_that("Output format is a list of lenght m and each element is a data.table",{
#Set up data
set.seed(200)
data <- iris
data$Species[runif(nrow(data)) < .1] <- NA
data$Sepal.Width[runif(nrow(data)) < .2] <- NA
setDT(data)

#Create imputed data
M <- 5
impute.output <- impute(data, m = M)

#Test output format
expect_is(impute.output, "list")
expect_equal(length(impute.output), M)
lapply(impute.output,expect_is, "data.table")
})

testthat 的错误输出

1. Error: Output format is a list of lenght m and each element is a data.table -
The following functions were not found: mice.impute.pmm, mice.impute.polyreg
1: withCallingHandlers(eval(code, new_test_environment), error = capture_calls, message = function(c) invokeRestart("muffleMessage"))
2: eval(code, new_test_environment)
3: eval(expr, envir, enclos)
4: impute(data, m = M) at test-impute.R:12
5: mice(data, m = m, maxit = max.iter, printFlag = F) at          C:\repos\bug.example2/R/impute.R:11
6: check.method(setup, data)
7: stop(paste("The following functions were not found:", paste(fullNames[notFound], 
   collapse = ", ")))

Answer 1

包 'mice' 在内部调用来自全局环境的插补方法。根据作者的说法，这是为了允许提供您自己的自定义插补方法。因此，包也必须在全局环境中公开它们的默认实现。我认为这是纯粹判断的一个很好的例子——内部方法现在只能通过全局环境被包识别。这首先违背了打包代码的目的。如果你想允许你的包使用外部函数，那么只需提供一个 API 来将它们传递给包。

您看到的错误消息是由函数 'mice:::check_method' 触发的:

notFound <- !vapply(fullNames, exists, logical(1), mode = "function", inherits = TRUE)

我的解决方法是从我自己的包中重新导出“老鼠”内部使用的方法(它内部使用“老鼠”，就像你的一样)。只需放入一个 R 文件并在其上运行 roxygen2:

#' @importFrom mice mice

#' @export
mice.impute.pmm <- mice::mice.impute.pmm

#' @export
mice.impute.polyreg <- mice::mice.impute.polyreg

当然，如果它们用于您的数据，您将需要导出其他方法。

我的观点是，如果我需要污染全局环境，我会尽量减少污染，只需要“老鼠”工作所需的功能。