r - 限制函数在 R for 循环中处理的时间

Question

我想应用一个函数(本解释中的“foo”)将数据向量转换为另一个值。该函数以数据为输入，需要向网页提交表单。有时，这进行得很快，而有时，可能会持续很长时间。我想以跳过花费太长时间的项目的方式运行 for 循环(或等效的 apply 函数)。我尝试使用以下方法限制循环运行的时间，然后再跳到接下来的 5 秒:

pb <- txtProgressBar(min = 1, max = 100, style = 3)
storage <- matrix(nrow = sample.length, ncol = 2)

for(i in 1:100){  
     s <- Sys.time()  
     storage[i,] <- try(foo(data.vec[i]), TRUE)  
     if (Sys.time() - s >5) {next}  
     # update progress bar  
     setTxtProgressBar(pb, i)  
}  
close(pb)  

我认为我一定不了解如何在 for 循环中应用“下一个”条件。已经搜索过以找到更清晰的解释，但在这里没有任何运气。

Answer 1

withTimeout()来自包裹 R.utils , 与 tryCatch() 合作，可能会提供更清洁的解决方案。

例如:

require(R.utils)

for(i in 1:5) {
    tryCatch(
        expr = {
            withTimeout({Sys.sleep(i); cat(i, "\n")}, 
                         timeout = 3.1)
            }, 
        TimeoutException = function(ex) cat("Timeout. Skipping.\n")
    )
}

# 1 
# 2 
# 3 
# Timeout. Skipping.
# Timeout. Skipping.

在上面的人工示例中:

withTimeout() 的第一个参数包含要在每个循环中计算的代码。

timeout论据 withTimeout()以秒为单位设置时间限制。

TimeoutException论据 tryCatch()接受一个在循环迭代超时时执行的函数。