r - R中的重叠圆形多个条形图

Question

以下是我的数据:

chr <- rep (1:4, each = 200) 

position <- c(1:200, 1:200, 1:200, 1:200)

v1bar <- rnorm(800, 10, 2)

v2bar <- rnorm(800, 10, 2)

v3bar <- rnorm(800, 10, 2)

mydata <- data.frame (chr, position, v1bar, v2bar, v3bar)

我想创建多个圆形条形图，其中 x 值 = pos 和 y 值 = v1bar、v2bar、v3bar(所有三个都在连续的圆圈中)。每个圆圈被划分为 chr。因此，每个圆圈都有“馅饼切片”。我不确定这样的图表是什么，是否有可能开发一个。以下只是粗略的草图来说明我的想法。



编辑:我的假设在某种程度上类似于以下 circos 图。

http://circos.ca/tutorials/images/zoom/8.8

编辑:

针对以下对大卫的回答，这是我的想象 - chr 不是单独的 circe，而是分类为不同的切片(例如在 circos 图中)

Answer 1

由于您以循环方式呈现染色体，请尝试使用 ecolitk 提供的工具。 Bioconductor 提供的软件包，其中包括在圆形染色体上绘制各种形状的工具。

ETA:这是一个用于创建圆形条形图的示例，尽管它只是触及了您可以用它做的事情的表面。

library(ecolitk)

plot.new()
plot.window(c(-5, 5), c(-5, 5))

plot.chrom = function(data, chromlength, radius=1,
                        width=chromlength/length(data), ...) {
    linesCircle(radius, ...)
    starts = seq(1, chromlength - width, width)

    scale = .5 / max(abs(data))
    for (i in 1:length(starts)) {
        polygonChrom(starts[i], starts[i]+width, chromlength, radius,
                data[i] * scale + radius, ...)
    }
}

plot.chrom(rnorm(100, 10, 1), 10000, radius=1)
plot.chrom(rnorm(100, 10, 2), 10000, radius=2, col="blue")
plot.chrom(rnorm(100, 10, 5), 10000, radius=3, col="red")
plot.chrom(rnorm(100, 10, 10), 10000, radius=4, col="green")

legend("topright", legend=c("chr1", "chr2", "chr3", "chr4"),
       col=c("black", "blue", "red", "green"), lty=1)

ETA:啊，现在我明白你说的情节划分是什么意思了。在这种情况下，此代码应该是您要查找的代码。它使用您提供的数据(稍作修改 - 我必须给染色体列一个名称，以便我可以将 ddply 与它一起使用)并允许您指定染色体之间的间距。虽然我还没有对其进行深入测试，但个体染色体长度以及模拟数据的均值和方差等不同的东西应该可以按您的预期工作。

plot.multi.chrom = function(data, colors, spacing=50) {
    plot.new()
    plot.window(c(-5, 5), c(-5, 5))

    lengths = ddply(data, .(chr), function(x) max(x$position))
    nchrom = NROW(lengths)
    offsets = cumsum(c(0, lengths[, 2])) + cumsum(c(0, rep(spacing, nchrom)))
    tot.length = offsets[length(offsets)] + spacing

    scales = .75 / apply(abs(data[, 3:NCOL(data)]), 2, max)

    for (i in 1:NROW(data)) {
        for (j in 3:NCOL(data)) {
            start = offsets[data[i, 1]] + data[i, 2]
            polygonChrom(start, start + 1, tot.length,
                         j - 2, data[i, j] * scales[j - 2] + j - 2,
                         col=colors[j - 2])
        }
    }
}

chr <- rep (1:4, each = 200) 
position <- c(1:200, 1:200, 1:200, 1:200)
v1bar <- rnorm(800, 10, 2)
v2bar <- rnorm(800, 10, 2)
v3bar <- rnorm(800, 10, 2)
mydata <- data.frame(chr=chr, position, v1bar, v2bar, v3bar)

 require(plyr) 

plot.multi.chrom(mydata, colors=c("red", "black", "green"), spacing=50)

legend("topright", legend=c("V1", "V2", "V3"),
       col=c("red", "black", "green"), lty=1)