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安装 (centos) 时出现 rstan C++14 错误

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 10:36:26 27 4
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安装rstan时出现以下错误:

Error in .shlib_internal(args) :
C++14 standard requested but CXX14 is not defined

从研究中了解到 C++14 编译器应该可用。
如何在配置 R 时安装相同的。
使用以下命令配置 R
./configure --with-readline=no --with-x=no

并安装
yum install -y devtoolset-6

但仍然无法更新 C++14 并且 rstan 给出错误
Default C++ compiler:      g++   -g -O2
C++98 compiler: g++ -g -O2
C++11 compiler: g++ -std=gnu++11 -g -O2
C++14 compiler: g++ -g -O2
C++17 compiler:
Fortran 90/95 compiler: gfortran -g -O2
Obj-C compiler:

设置文件
 yum -y update
yum install -y centos-release-scl
yum install -y devtoolset-6
yum install -y devtoolset-6-gcc-gfortran
scl enable devtoolset-6 bash
scl enable devtoolset-6-gcc-gfortran bash
mkdir packages
cd packages
wget -qO-
https://downloads.sourceforge.net/project/libpng/zlib/1.2.8/zlib-
1.2.8.tar.gz | tar zvx
cd zlib-1.2.8
./configure
make
make install
cd ..
wget -qO- http://downloads.sourceforge.net/pcre/pcre-8.35.tar.gz |
tar xzv
cd pcre-8.35
./configure
make
make install
cd ..
wget -qO- http://tukaani.org/xz/xz-5.2.2.tar.gz | tar xzv
cd xz-5.2.2
./configure
make
make install
cd ..
wget -qO- https://curl.haxx.se/download/curl-7.47.1.tar.gz | tar xzv
cd curl-7.47.1
./configure
make
make install
cd ..


wget -qO- https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.4.tar.gz |
tar xzv
cd R-3.4.4
./configure --with-readline=no --with-x=no --prefix=/packages/R-3.4.4
F77=gfortran
make
make install

最佳答案

我也遇到了这个问题,这里记录下解决方法。
关键是安装适当的 g++ 并配置它。
首先,将 g++ 版本 >= 5 安装为 https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Installing-RStan-on-Linux说过:

Using RStan requires either g++ version 4.9 and up


我在这里安装 g++8(您可以根据需要更改版本):
$ sudo yum install centos-release-scl
$ sudo yum install devtoolset-8-gcc*
现在,您的操作系统中拥有替代 g++ 和默认 g++。
您可以启用此功能并检查版本:
$ scl enable devtoolset-8 bash
$ gcc --version
$ g++ --version
找到它的位置:
$ which g++
/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++
接下来需要配置 ~/.R/Makevars ,使用vim(或其他编辑器)将以下内容放入其中:
CXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPIC
CXX14=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++
或者使用 R 命令:
dotR <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R")
if (!file.exists(dotR)) dir.create(dotR)
M <- file.path(dotR, "Makevars")
if (!file.exists(M)) file.create(M)
cat("\nCXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPIC",
"CXX14=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++", # or clang++ but you may need a version postfix
file = M, sep = "\n", append = TRUE)

NOTE: these R commands are copied from https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Configuring-C-Toolchain-for-Linux but CXX14 flag is modified according to the location above.


现在,您可以安装 rstan现在打包:
install.packages("rstan")
希望这可以帮助。

PS:R 用户可以使用这种方法以类似的方式修改编译器标志。

关于安装 (centos) 时出现 rstan C++14 错误,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/53552166/

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