Windows 上的 Rpy2

Question

我想在我的 windows 机器上安装 rpy2，它给了我以下著名的错误

      self.convert_pycparser_error(e, csource)
      File "c:\users\96171\appdata\local\temp\pip-install-lxsxk7q4\rpy2\.eggs\cffi-1.14.0-py3.6-win-amd64.egg\cffi\cparser.py", line 336, in convert_pycparser_error
        raise CDefError(msg)
    cffi.CDefError: cannot parse "void __cffi_extern_python_start; void _capsule_finalizer(SEXP); void __cffi_extern_python_stop;"
    <cdef source string>:495:96: Illegal character '\r'

    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in C:\Users\96171\AppData\Local\Temp\pip-install-lxsxk7q4\rpy2\

我做了以下事情:

• 升级设置工具
• 升级pip到最新版本

我点击了链接 here在 Windows 上安装 rpy2，他们说我们必须下载一个预编译的二进制文件才能工作。

我已经从followinf 下载了link这个轮子:rpy2‑2.9.5‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl 但是我仍然遇到麻烦；我做了如下:

• 在我下载rpy2‑2.9.5‑cp37‑cp37m‑win_amd64.whl
• 我在下载wheel的目录下以管理员身份打开了cmd
• 我将系统变量中的 %R_USER% 设置为我的用户名:R_USER C:\Users\my_username但是我收到以下错误:

错误:rpy2-2.9.5-cp37-cp37m-win_amd64.whl 在此平台上不受支持。

在网站中为binaries他们说:

Rpy2 (discontinued, unstable): provide access to the R software environment for statistical computing and graphics. Requires R 3.3, and I have R 3.6.2 on my system. Is this causing the error?

Answer 1

旧答案
问题是我下载了错误的轮子。 cp37 表示 CPython 3.7 而我的系统上有 python 3.6。我下载了 rpy2-2.9.5-cp36-cp36m-win_amd64.whl 而不是 rpy2-2.9.5-cp37-cp37m-win_amd64.whl 并且它有效。

此外，当我遇到 R_USER 和 R_HOME 的问题时，我在 python 脚本中执行了以下操作:

import os
# see the following 2 lines
os.environ['R_HOME'] = 'C:/Program Files/R/R-3.6.2'
os.environ['R_USER'] = 'C:/Users/96171/AppData/Local/Programs/Python/Python36/Lib/site-packages/rpy2' #path depends on where you installed Python. Mine is the site packages of the regular python installation, it could have been Anaconda

# importing rpy2
import rpy2.robjects as robjects
r = robjects.r
r['source']('sample_r.r')

引用文献:this

已更新
为了避免 os 调用，我能够通过将 R_USER 和 R_HOME 包含在 SYSTEM VARIABLE 中来实现所需的行为环境变量

• R_USER:C:\Users\96171\AppData\Local\Programs\Python\Python36\Lib\site-packages\rpy2
• R_HOME: C:\Program Files\R\R-3.6.2