r - 恐惧 : file not found

Question

我正在尝试使用 data.table 包中的 fread 打开一个 2.2G 的文件，但一直出现相同的错误(它适用于其他文件，这小于 1G 的强度):

library(data.table)
data.table 1.9.4  For help type: ?data.table
*** NB: by=.EACHI is now explicit. See README to restore previous behaviour.

train  = data.table::fread('train.csv')

data.table::fread("train.csv") 错误:
找不到文件:train.csv

当然，文件存在(read.csv() 有效，但速度很慢)。我在 i686 上运行 Ubuntu 12.04 LTS。感谢任何帮助!

注意:我正在尝试读取的文件是“train.gz”，可以在以下位置找到: https://www.kaggle.com/c/tradeshift-text-classification/data .

这是一个 2.2G 的 csv 文件，非常标准。

编辑:当我使用 verbose=TRUE 时，它说:

输入不包含\n。以此为文件名打开

Answer 1

要在 32 位 Linux 系统上打开大文件，需要为 open 函数提供一个 O_LARGEFILE 选项，fread不行。这是一个实际上失败的 open 调用，但它被错误地报告为“找不到文件”错误。

启用大文件支持的另一种方法是在安装包时将 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 选项传递给编译器。卸载并删除data.table，将以下内容放入~/.R/Makevars:

CFLAGS=-D_FILE_OFFSET_BITS=64

然后发出 R CMD INSTALL/path/to/data.table_X.Y.Z.tar.gz。新安装的包将在 32 位系统上成功打开大文件。