R:heatmap.2 更改颜色键

Question

我有关于包裹的问题 gplots .我想使用功能heatmap.2因此我想将颜色键中的对称点从 0 更改为 1。通常在 symkey=TRUE 时然后您使用 col=redgreen() ，创建一个颜色条，其中的颜色管理如下:

red = -2 to -0.5
black=-0.5 to 0.5
green= 0.5 to 2

现在我想创建一个这样的颜色条:

red= -1 to 0.8
black= 0.8 to 1.2
green= 1.2 to 3

这样的事情可能吗？

谢谢!

Answer 1

如果你看 the heatmap.2 help file ，看来您想要 breaks争论。从帮助文件:

breaks (optional) Either a numeric vector indicating the splitting points for binning x into colors, or a integer number of break points to be used, in which case the break points will be spaced equally between min(x) and max(x)

所以，你使用 breaks指定每种颜色的截止点。例如。:

library(gplots)

# make up a bunch of random data from -1, -.9, -.8, ..., 2.9, 3
# 10x10
x = matrix(sample(seq(-1,3,by=.1),100,replace=TRUE),ncol=10)

# plot. We want -1 to 0.8 being red, 0.8 to 1.2 being black, 1.2 to 3 being green.
heatmap.2(x, col=redgreen, breaks=c(-1,0.8,1.2,3))

关键位是 breaks=c(-1,0.8,1.2,3)成为你的截止点。