r - 在 R 中获取矩阵列的加权和的最快方法

Question

我需要矩阵每一列的加权和。

data <- matrix(1:2e7,1e7,2) # warning large number, will eat up >100 megs of memory
weights <- 1:1e7/1e5
system.time(colSums(data*weights))
system.time(apply(data,2,function(x) sum(x*weights)))
all.equal(colSums(data*weights), apply(data,2,function(x) sum(x*weights)))

通常 colSums(data*weights)比 apply 调用快。

我经常做这个操作(在一个大矩阵上)。因此，寻求有关最有效实现的建议。理想情况下，如果我们可以将权重传递给 colSums(或 rowSums)，那就太好了。

谢谢，感谢任何见解!

Answer 1

colSums和 *都是内部或原始函数，将比 apply 快得多方法

您可以尝试的另一种方法是在寻找时使用一些基本的矩阵代数

 weights %*% data

矩阵乘法方法似乎并不快，但它会避免创建大小为 data 的临时对象。

system.time({.y <- colSums(data * weights)})
##  user  system elapsed 
##  0.12    0.03    0.16 


system.time({.x <- weights %*% data})
##   user  system elapsed 
##   0.20    0.05    0.25