r - 如何更改树状图的节点标签

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我为一个项目做了一个分层集群。
我有 300 个观察值，每个变量有 20 个。
我索引了所有变量，使每个变量都在 0 和 1 之间，值越大越好。

我使用以下代码创建了一个聚类图。

d_data <- dist(all_data[,-1])
d_data_ind <- dist(data_ind[,-1])
hc_data_ind <- hclust(d_data_ind, method = "complete")
dend<- as.dendrogram(hc_data_ind)
plot(dend)

现在节点的标签在行名称中，数字 1 到 300(见上图)。在分析过程中，我删除了标记为“地理”的数据框的第一列(见下图)，因为它们是文本中的城市名称，会搞砸分析。但是我 真的需要在正确的位置获取集群图上的城市名称，因为我需要根据结果选择城市列表。

我应该编写什么代码来将“地理”列中的城市名称插入到这个图中，对应于它们的行名称？

从数据框(下图)可以看出，所有城市名称都按字母顺序排列，升序排列整齐，就像行名称一样。我相信将城市名称放在情节上并不难，我只是通过谷歌搜索和四处打听找不到它。

Answer 1

我认为您要问的是“我如何决定树状图中的标签”。所以这有两个部分。例如，让我们使用数字 c(1,2,5,6) 的简单数据

1) 当您使用 dist 创建 hclust 时，它使用项目的名称。如果它们不存在，那么它使用运行索引。例如:

x <- c(1,2,5,6)
d1 <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))
plot(d1)

这显然是一个问题，因为我们拥有的项目是 1,2,5,6 而不是 1:4!那么我们如何解决这个问题呢？一种方法是更新名称。例如:

x <- c(1,2,5,6)
names(x) <- x
x
d2 <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))
plot(d2)

我相信这基本上可以解决您的问题(坦率地说，不需要 dendexend)。但是，如果您想在创建树状图后更新文本 - 请继续阅读:

2)
dendexend 包允许您更新树状图的标签。但是您需要确保使用正确的顺序(因为原始向量的顺序和树中标签的顺序不同!)。这是如何做到的:

if (!require(dendextend)) install.packages(dendextend);
library(dendextend)
x <- c(1,2,5,6)
d3 <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))
labels(d3) <- x[order.dendrogram(d3)]
plot(d3)

下面是我们如何处理更复杂的数据对象(我们可能不想使用对象的行名称，而是更新树状图):

if (!require(dendextend)) install.packages(dendextend);
library(dendextend)
x <- CO2[,4:5]
d4 <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))
labels(d4) <- apply(CO2[,1:3], 1, paste, collapse = "_")[order.dendrogram(d4)]

d4 <- set(d4, "labels_cex", 0.6)
d4 <- color_branches(d4, k = 3)
par(mar = c(3,0,0,6))
plot(d4, horiz = T)