r - 无法使用 ggtree 绘制 hclust 对象

Question

我正在尝试从 hclust 绘制树状图对象 ggtree但我不断收到相同的错误消息:

Error: `data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust

我一直在广泛寻找解决方案，但没有找到。此外，我了解到 ggtree does support hclust对象，这让我更加困惑。来自 here :

The ggtree package supports most of the hierarchical clustering objects defined in the R community, including hclust and dendrogram as well as agnes, diana and twins that defined in the cluster package.

我从上面的链接中借用了一个可重现的例子:

hc <- hclust(dist(mtcars))
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')

这再次给了我上述错误。如果我使用 rlang::last_error()为了获得一些上下文，我得到:

<error/rlang_error>
`data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust
Backtrace:
 1. ggtree::ggtree(hc, linetype = "dashed")
 3. ggplot2:::ggplot.default(...)
 5. ggplot2:::fortify.default(data, ...)

如果我使用 rlang::last_trace() 来获取更多信息:

<error/rlang_error>
`data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust
Backtrace:
    x
 1. \-ggtree::ggtree(hc, linetype = "dashed")
 2.   +-ggplot2::ggplot(...)
 3.   \-ggplot2:::ggplot.default(...)
 4.     +-ggplot2::fortify(data, ...)
 5.     \-ggplot2:::fortify.default(data, ...)

但我真的能看出哪里出了问题......

Answer 1

我已经设法解决了我的问题。如果将来对其他人有帮助，我会发布它。

显然，我运行的是旧版本的 ggtree我重新安装时没有正确更新 ggtree来自 Bioconductor，我不知道为什么。无论如何，我尝试通过显式设置 version 来重新安装它。安装调用中的参数:

BiocManager::install("ggtree", version = "3.10")

然后我可以成功运行我的可重现示例:

hc <- hclust(dist(mtcars))
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')

请注意，作为以前的解决方法，我设法绘制了 hcluster对象 ggtree通过将其转换为 phylo对象与 as.phylo()来自 ape 的函数包裹:

hc <- hclust(dist(mtcars))
hc <- ape::as.phylo(hc)
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')