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我问过相关问题 here , here和 here .
目标
我有一个很长的 Rmd 文件(保存在 R 项目中),我想将它编织到带有目录的 Html 和 PDF 中。
问题背景
我之前使用的是 RStudio 0.98.501。设置是:
cache=TRUE
在全局块选项中 knitHtml
按钮第一次创建新文件夹:
figures
,
cache
,
knitHTML
等没有问题,一切正常。但后来我决定添加 TOC。使用
Output Options
部分在
Rmarkdown Version 2 page , 我在最顶部添加了 toc 命令,点击了
knitHtml
按钮,但得到了与以前完全相同的输出,没有任何 TOC。所以,我决定升级到 RStudio 预览版。
knitHtml
按钮。它给出了找不到外部图像之一的错误。所以,在谢一辉的建议下,我做了以下事情:
knitHtml
项目目录下的文件夹。 cache=TRUE
在全局块选项中 knitHTML
按钮并出现以下错误:
output file: Trajectory1-new.knit.md
"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" Trajectory1-new.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output Trajectory1-new.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\default.html --variable theme:united --include-in-header C:\Users\durraniu\AppData\Local\Temp\Rtmp0OFfmZ\rmarkdown-str10186bd23276.html --mathjax --variable mathjax-url:https://c328740.ssl.cf1.rackcdn.com/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML --no-highlight --variable highlightjs=C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\highlight
pandoc.exe: Could not find data file ./Trajectory1-new_files/figure-html/pdf_velocity.png
Error: pandoc document conversion failed with error 97
In addition: Warning messages:
1: In if (grepl(" ", path, fixed = TRUE)) path <- utils::shortPathName(path) :
the condition has length > 1 and only the first element will be used
2: running command '"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" Trajectory1-new.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output Trajectory1-new.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\default.html --variable theme:united --include-in-header C:\Users\durraniu\AppData\Local\Temp\Rtmp0OFfmZ\rmarkdown-str10186bd23276.html --mathjax --variable mathjax-url:https://c328740.ssl.cf1.rackcdn.com/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML --no-highlight --variable highlightjs=C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\highlight' had status 97
Execution halted
所以,我尝试了
knit PDF
它奏效了。输出符合预期。然后我改成
cache=FALSE
在全局块选项中单击
knit HTML
.花了很长时间(我的文件有很多分析)并给出了带有 TOC 的 html 文件作为输出,这是我需要的。
cache=FALSE
用于在
cache=TRUE
时创建 html适用于 RStudio 预览版中的 PDF?每次添加一个部分后,我都不能等待 15-20 分钟才能看到输出。我该如何解决这个问题?
---
title: "Sample Document"
output:
html_document:
theme: united
toc: yes
---
Trajectory: 7:50 am - 8:05 am (t1)
========================================================
```{r setup}
# set global chunk options:
library(knitr)
opts_chunk$set(cache=TRUE, fig.align='center')
```
```{r alllibraries, echo=FALSE}
library(ggplot2)
library(plyr)
library(data.table)
library(parallel)
library(xtable)
library(ggthemes)
suppressPackageStartupMessages(library(googleVis))
my.theme<-function(base_size = 12, base_family = "Trebuchet MS")
{theme(plot.title = element_text(size = rel(2)), panel.grid.major=element_line(color='grey'), panel.grid.minor=element_line(color='grey', linetype='dashed'), legend.position='bottom', legend.background = element_rect(colour = "black"), strip.text = element_text(size=13, lineheight=2))
}
```
最佳答案
这可能仅作为评论,但它对我有用。
因为我最初在旧版本的 RStudio (0.98.501) 中创建了项目和 Markdown 文档,然后后来切换到预览版,所以我认为有必要在块选项中指定图形和缓存路径。所以,我做了以下事情:
opts_chunk$set(cache=TRUE, cache.path = 'DocumentName_cache/', fig.path='figure/')
cache=FALSE
编织到 HTML。在预览版中,我现在可以轻松创建目录和更改主题。
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