r - 将字符串转换为 R 中函数的内容用于管道

Question

我正在使用 makeContrasts作为管道的一部分(带有 limma)。
我有几项研究，这些研究一个接一个地进入管道。对于其中两个，makeContrasts 函数如下所示:

aarts_1_cm = makeContrasts(R10d = labelR - labelP,
                           R1nMRap = labelR1 - labelP,
                           R10nMRap_OSKM = labelR10 - labelO,
                           levels = Design)

和

aarts_2_cm = makeContrasts(OSKM14 = labelO14 - labelP14,
                           OSKM14mTORsh_OSKM14p21sh = labelOT14 - labelOp14,
                           OSKM20mTORsh_OSKM20p21sh = labelOT20 - labelOp20,
                           levels = Design)

由于每项研究的对比不同，我无法将它们合并到流程中。因此，我将函数的内容转换为字符串:

aarts_2 = "OSKM14 = labelO14 - labelP14,
                           OSKM14mTORsh_OSKM14p21sh = labelOT14 - labelOp14,
                           OSKM20mTORsh_OSKM20p21sh = labelOT20 - labelOp20,
                           levels = Design"

这样我就可以做 makeContrasts(unstring(aarts_2)) ，但我不知道如何解开 aarts_2以便函数读取它。或者如果有更好的方法来做到这一点。我将不胜感激。

谢谢。

Answer 1

我认为没有办法写 unstring你想要的功能，但你可以这样做:

makeContrastsFromString <- function(s)
  eval(parse(text = paste("makeContrasts(", s, ")")))

然后

makeContrastsFromString(aarts_2)

应该给你想要的。我没有测试过，因为我无法安装 limma获取 makeContrasts .我的功能很脆弱；如果用户将行拆分为字符串向量的单独元素，则它将不起作用。我会把它留给你，让它对那种事情有抵抗力。